Năm 1899 (Kỷ Hợi – PL.2443), đời vua Thành Thái (Bửu Lân, 1889-1907).
– Tháng Giêng năm Kỷ Hợi, Chùa Từ Hiếu tại Huế dựng bia “Trùng tu Từ Hiếu tự bi ký”. Cũng năm này chùa tiếp tục dựng bia “Từ Hiếu Tự Cương Kỷ Hòa thượng tháp bi ký”.
– Ngày 06 tháng 3 năm Kỷ Hợi, Thiền sư Trừng Tài – Bổn Tánh (?-1899), thuộc thiền phái Lâm Tế – Liễu Quán, đời thứ 42, trụ trì chùa Long Thọ (Bến Cát – Bình Dương), thị tịch.
– Ngày 08 tháng Chạp năm Kỷ Hợi, Thiền sư Minh Tịnh – Bảo Thanh (1832-1899), họ Huỳnh, thuộc Tông Lâm Tế, đời thứ 38, trụ trì chùa Bửu Hưng (Lai Vung, Đồng Tháp), viên tịch, thọ 68 tuổi.
– Thiền sư Như Nhu – Chơn Không trùng tu chùa Giác Viên ở Gia Định nay ở hẻm 249, đường Lạc Long Quân, quận Tân Bình, Tp. HCM, với quy mô lớn. Chùa này tiếp tục được ngài trùng tu vào năm 1902 đến năm 1908 và 1910, do Thiền sư Như Phòng – Hoằng Nghĩa trùng tu.
– Hòa thượng Thanh Minh – Tâm Truyền (1832-1911) trùng tu chùa Viên Giác (tọa lạc phía sau chùa Báo Quốc). Cũng năm này, ngài được phong làm Tăng Cang chùa Diệu Đế ở Phú Xuân – Huế.
– Thiền sư Chương Hiệp – Chánh Trì (1833-1910) kế thế trụ trì Tổ đình Thiên Hòa ở Bình Định.
– Ni trưởng Diệu Thiện (1818-1899) thế danh Lê Thị Thơ, pháp danh Diệu Thiện, sinh tại Chợ Lớn, thuộc thiền phái Vân Môn, trụ tại chùa Hang (nay là chùa Phước Điền thuộc thị xã Châu Đốc, tỉnh An Giang), viên tịch, thọ 81 tuổi.
– Thiền sư Như Thuật – Tâm Minh (?-1913) được bổ làm trụ trì chùa Ngọc Sơn trên đồi Kim Sơn, nằm trong sơn phận xã Lựu Bảo, bên bờ Bắc sông Bạch Yến (Huế).
– Thiền sư Tâm Thiền được chư quan sơn tự suy cử làm trụ trì Tổ đình Thuyền Tôn tại núi Thiên Thai, xã An Cựu, huyện Hương Trà, phủ Triệu Phong, xứ Thuận Hóa (Huế) và ngài mở cuộc trùng kiến Tổ đình này.
– Thiền sư Ngộ Tánh – Phước Huệ (1875-1963) dựng thảo am Hải Đức tại làng Bình An, nay tọa lạc ở số 100 B, đường Phan Bội Châu, Tp.Huế, tỉnh Thừa Thiên – Huế.
– Thiền sư Thanh Minh – Viên Tâm (1842-1913) cùng hai đệ tử lên núi Trà Cú – Hố Dầu tìm hang đá lập thất tham thiền. Sau ba tháng an cư, ngài khai sơn Linh Sơn Diên Thọ (chùa Hố Dầu) tại núi Trà Cú nay thuộc huyện Hàm Thuận Nam, Bình Thuận.
– Vua Thành Thái ban cho chùa Phước Sơn (nay thuộc thôn Tân Phước, xã Xuân Sơn Bắc, huyện Đồng Xuân, tỉnh Phú Yên) một chiếc kim khánh có khắc 2 chữ “Khâm Tai” và đồng kim tiền có khắc 4 chữ “Triệu Dân Lại Chí”. Chùa này do Thiền sư Như Đắc – Thiền Phương (1879-1949) trụ trì.
– Hòa thượng Thanh Liêm – Tâm Thuyền được cử làm trụ trì chùa Thuyền Tôn nay tại làng An Cựu, tổng An Cựu, huyện Hương Thủy, tỉnh Thừa Thiên.
– Thiền sư Trừng Đạo – Phước Huệ (1854-1924) kế thế trụ trì chùa Long Thọ nay thuộc xã Tân Định, huyện Bến Cát, tỉnh Bình Dương.
– Thiền sư Thanh Ân – Chánh Nghĩa, thuộc thiền phái Lâm Tế – Liễu Quán, đời thứ 41, kế thế trụ trì chùa Kim Tiên, nay tại khu 7, thị trấn Cai Lậy, tỉnh Tiền Giang (1899-1920).