Năm Nhâm Dần (1602), Chúa Tiên lập Dinh Quảng Nam, cử Thụy Quận công Nguyễn Phước Nguyên làm Trấn thủ. Thụy Quận công trấn thủ Dinh Quảng Nam từ năm đó cho đến năm lên nối ngôi Chúa Tiên (1602 – 1613). Trong thời gian này, Chúa Tiên xây dựng các chùa thuộc địa phận Quảng Nam như chùa Long Hưng, Bửu Châu, có lẽ là có sự đóng góp công của Nguyễn Phước Nguyên.
Hiện chúng ta chưa biết rõ về các công đức của Chúa Nguyễn Phước Nguyên đối với Phật giáo như thế nào mà đến nỗi dân chúng thời đó tôn gọi Chúa Nguyễn Phước Nguyên là Chúa Sãi hay Chúa Bụt (tức Chúa Phật) ? Chúng ta chỉ biết được là Chúa Nguyễn Phước Nguyên đã góp nhiều công đức đối với Phật giáo thời đó, nhưng tiếc là chúng ta hiện không có tài liệu để biết thêm về các công trình đó của Chúa Sãi.
Dưới thời Chúa Sãi (1613 – 1635), ở Đàng Trong có rất nhiều nhân tài nổi danh như Đào Duy Từ, Nguyễn Hữu Dật, Nguyễn Hữu Tiến …