Năm 1613

Năm Quý Sửu (1613), Chúa Tiên Nguyễn Hoàng đã già, 89 tuổi, bị bịnh nặng, cho gọi con thứ sáu là Nguyễn Phước Nguyên đang trấn thủ Dinh Quảng Nam về Chánh Dinh, dặn lại rằng: “Đất Thuận Quảng phía Bắc có núi Hoành Sơn và sông Linh Giang (sông Gianh) hiểm trở, phía Nam có núi Hải Vân và núi Thạch Bi vững chắc. Núi sanh vàng, sắt, biển có muối, cát … thật là đất của trời để cho anh hùng dụng võ. Nếu biết thương yêu dạy dỗ dân, lo luyện tập binh sĩ để chống lại họ Trịnh thì đủ để xây cơ nghiệp muôn đời. Nếu thế lực không chống được thì cố giữ đất đai để chờ thời cơ, chớ đừng bỏ hỏng lời dặn của ta”.
Tháng 6 năm Quý Sửu (1613), Chúa Tiên Nguyễn Hoàng mất, an táng ở núi Thạch Hãn, huyện Hải Lăng (quảng Trị), sau cải táng ở núi thuộc xã La Khê, huyện Hương Trà (Thừa thiên). Đối với Phật giáo Chúa Tiên có thâm ý muốn lấy Phật giáo để làm nơi nương tựa tinh thần cho công trình lập quốc cho các Chúa Nguyễn, đồng thời lấy Phật giáo để làm phương tiện chiến tranh chính trị chống lại chủ trương tôn sùng Nho giáo của nhà Hậu Lê ở Đàng Ngoài. Vì thế các chánh quyền đều là những người sùng mộ đạo Phật và hết lòng hộ trì Phật pháp.