Năm 1702

Trong thời gian 1696 – 1702, Hòa thượng Thạch Liêm thường liên lạc với triều đình Chúa Nguyễn ở Đàng Trong. Hòa thượng có khuyên Chúa Nguyễn Phước Châu phái sứ giả qua Quảng Đông, Quảng Tây nhờ các quan trấn nhậm ở đây trình về triều đình nhà Thanh để xin cầu phong vương cho Chúa Nguyễn. Vì vậy, năm Nhâm Ngọ (1702), Chúa Nguyễn Phước Châu cử hai đệ tử của Hòa thượng Thạch Liêm là thiền sư Hưng Triệt và Giám sinh Hoàng Thìn đem cống vật và dâng biểu nhờ Tổng Đốc Lưỡng Quảng xin Vua Thanh phong vương cho Chúa Nguyễn trong tờ biểu, Chúa có xưng là đệ tử của Hòa thượng Thạch Liêm.
Nhiều người ở Quảng Đông vốn ganh ghét Hòa thượng Thạch Liêm, nhân dịp này gièm pha với triều đình nhà Thanh rằng: Hòa thượng Thạch Liêm làm gián điệp cho các nhóm tàn quân của nhà Minh chống nhà Thanh, bỏ nước qua tị nạn ở Đàng Trong. Vì vậy, năm Khương Hy 41 (1702). Án sát tỉnh Quảng Đông là Hứa Tự Hưng bắt giam Hòa thượng Thạch Liêm đánh đập và điều tra. Nhưng cuối cùng, không có bằng cớ để buộc tội, nên đuổi Hòa thượng về quê quán ở tỉnh Giang Tây. Ở Giang Tây Hòa thượng Thạch Liêm lại mở đạo tràng ở chùa “Sơn Tự” (chùa Núi) thuộc Cống Châu (chừng 1 năm) tăng sĩ và tín đồ đến tham học rất đông. Những người ganh ghét Hòa thượng lại gièm pha tố giác… chánh quyền nhà Thanh lại nghi ngờ Hòa thượng Thạch Liêm mượn hình thức truyền đạo để hoạt động chính trị, âm mưu phục hưng nhà Minh và chống nhà Mãn Thanh. Vì vậy, năm Khương Hy 43 (giáp Thân 1704) Hòa thượng lại bị Tuần Vũ tỉnh Giang Tây là Lý Cơ Hòa bắt điều tra, sau lại cho bắt giải về nguyên quán của Hòa thượng để điều tra tiếp. Trên đường bị áp giải về quê quán đó, Hòa thượng Thạch Liêm chết ở Trường Sa, thọ 72 tuổi (năm Giáp Thân 1704).