Năm 1803

Vua Gia Long còn rất tin vào việc trai đàn để cầu siêu cho chiến sĩ trận vong và lập trai đàn chúc thọ… Vì vậy, khi cho xây dựng Kinh thành Huế, Chúa đã cho xây dựng lại chùa Thiên Mụ. Ngay năm sau, sau khi lên ngôi, Vua cho lập đàn ở chùa Thiên Mụ, sách Đại Nam Thực Lục Chánh Biên ghi:
“Tháng Giêng nhuần năm Quí Hợi (1803), niên hiệu Gia Long thứ hai, vừa thương xót các biền binh bị bão chết, trong khi vận tải đường biển năm ngoái, lập trai đàn bạt độ, Vua sai lập đàn tế ở chùa Thiên Mụ”.
Đến tháng 5 năm đó, Vua lại cho lập đàn tế chiến sĩ trận vong ở chùa Hà Khê” (tức chùa Thiên Mụ).