Năm 1844

Tháng 3 năm Giáp Thìn, niên hiệu Thiệu Trị thứ tư (1844) nhân dịp lễ Bát tuần của Nhân Tuyên Từ Khánh Thái Hoàng Thái Hậu (Thuận thiên Cao Hoàng Hậu thời Vua Gia Long). Vua Thiệu Trị cho xây tháp Từ Nhân, cao bảy tầng và đình Hương Nguyện ở trước chùa Thiên Mụ. Tháng 7 năm Ất Tị (1845), tháp được xây xong, Vua cho đổi tên tháp là “Phước Duyên Bảo tháp” và viết bài văn bia kể lại việc xây tháp Phước Duyên và đình Hương Nguyện ở trước bảo tháp.
Vua cũng cho xây dựng hai tiểu đình hình vuông ở trước Nghi Môn để dựng bia đá và bia khắc bài thơ “Thiên Mụ chung thanh” (Tiếng chuông Thiên Mụ), mỗi bia cao 1,70m rộng 0,90m. Vua liệt chùa Thiên Mụ là cảnh đẹp thứ 14 trong số 20 cảnh đẹp của Kinh đô Phú Xuân.
Đồng thời với việc xây tháp Phước Duyên, vua cũng cho dựng chùa Diệu Đế ở ngay nơi Vua sinh ra tại ấp Xuân Lộc, phía Đông Kinh thành Huế, Sau khi xây xong chùa này, Vua Thiệu Trị thường mở trai đàn tại đó. Kể từ đó vai trò chùa Thiên Mụ bớt quan trọng.
Đến đời Tự Đức (1848 – 1883), Vua thường tổ chức trai đàn ở chùa Diệu Đế hoặc chùa Giác Hoàng, chùa Thiên Mụ càng ít được Vua để ý đến, vì vậy khung cảnh chùa trở nên hoang vắng tiêu sơ.
Dù không tôn sùng đạo Phật, nhưng là vị Vua chí hiếu, nên Vua vẫn chăm lo gìn giữ, tôn trọng các di tích của Tiền nhân, và chiều theo ý của Thái Hậu, Vua Tự Đức vẫn cho trùng tu các chùa, riêng chùa Thiên Mụ, Vua cho trùng tu nhiều lần và thỉnh thoảng cho mở trai đàn ở chùa này.
– Năm Tự Đức thứ hai mươi (1867) Vua cho tu bổ tháp Phước Duyên.
– Năm Tự Đức 24 (1871): Vua cho trùng tu chùa Thiên Mụ trong vòng 1 tháng với 10 thợ và 100 dân phu.
– Năm Tự Đức 32 (1879) Vua lại cho tu sửa chùa suốt hai tháng với 13 thợ và 130 dân phu. Lúc đó, Chùa Thiên Mụ chỉ còn 17 tòa sở.