Năm 1897

Năm Thành Thái thứ chín (1897) Vua cho trùng tu chùa Thiên Mụ và các chùa Diệu Đế, Tam Thai, Từ Ân…

Vua cho mở đường mới lên Đàn Nam Giao (Nam Giao Tân Lộ), đường này xuyên ngang qua khuôn viên chùa Từ Đàm, nên sai sư Tường Vân cùng chư tăng trong sơn môn và các quan môn dời năm bảo tháp của chư tổ ở chùa Ấn Tông sang khuôn viên chùa Báo Quốc ở gần đó. Có lẽ trong dịp này, Đại sư Tường Vân trùng tu lại chùa Từ Đàm. Vì vậy, sau khi Đại sư Tường Vân viên tịch, long vị thờ ở chùa Từ Đàm có ghi: “Lâm Tế chánh tông, Tứ thập nhất thế, trùng hưng Từ Đàm Tự, húy Thanh Hiệp, hiệu Tường Vân Đại sư..”.
Trong thời hiện đại, chùa Từ Đàm nổi danh trên toàn quốc vì đã giữ vai trò quan trọng trong các phong trào chấn hưng Phật Giáo Trung Kỳ và phát triển Phật Giáo Việt Nam.
Trong thập niên 1930, 1940 chùa Từ Đàm là trung tâm của phong trào chấn hưng Phật Giáo Trung Kỳ.