Tháng mười năm Kỷ Hợi (1299), vua Trần Nhân Tông ngài xuất gia vào tu ở núi Yên Tử. Ở đây, ngài chuyên cần tu tập theo hạnh đầu-đà (khổ hạnh) lấy hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà. Khi vị tỳ-khưu đã thọ trì 12 pháp đầu đà thì họ nguyện giữ giới luật rất nghiêm túc, nếu không muốn nói là rất khắc khổ, rất thánh hạnh.