Sau khi quyết định trụ lại Hội An để hoằng hóa, tổ Minh Lượng khai sơn chùa Vạn Ðức và tổ Minh Hải khai sơn chùa Chúc Thánh tại xã Cẩm Phô (Năm 1697 – nay là thị xã Hội An).. Ngài Minh Lượng truyền pháp theo bài kệ của ngài Mộc Trần–Ðạo Mân, còn ngài Minh Hải biệt xuất riêng một bài kệ truyền pháp. Từ đó, trong lịch sử Phật giáo Việt Nam xuất hiện một dòng phái mới, đó là thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh.
Ngay từ những ngày đầu lập thảo am nơi phố Hội, để cho sự truyền thừa có quy củ dài lâu, tổ Minh Hải đã biệt xuất một bài kệ truyền pháp. Bài kệ truyền pháp của Ngài như sau:
明 實 法 全 彰 Minh Thiệt Pháp Toàn Chương
印 真 如 是 同 Ấn Chơn Như Thị Ðồng
祝 聖 壽 天 久 Chúc Thánh Thọ Thiên Cửu
祈 國 祚 地 長 Kỳ Quốc Tộ Ðịa Trường
得 正 律 為 宗 Ðắc Chánh Luật Vi Tông
祖 道 解 行 通 Tổ Ðạo Giải Hành Thông
覺 花 菩 提 樹 Giác Hoa Bồ Ðề Thọ
充 滿 人 天 中 Sung Mãn Nhân Thiên Trung
Nghĩa là
(Khơi sáng pháp chân thật
Tánh chân như là đồng
Cầu Thánh quân muôn tuổi
Chúc đất nước vững bền
Giới luật nêu trước tiên
Giải và hành nối liền
Hoa nở cây giác ngộ
Hương thơm lừng nhân thiên)
(Thích Nhất Hạnh dịch)
Từ trước đến nay, nhiều vị cho rằng, bài kệ truyền pháp của tổ Minh Hải được Ngài đọc trước khi viên tịch. Thật ra vấn đề không phải như vậy. Việc xuất kệ truyền thừa đã được Ngài xác lập ngay từ những ngày đầu lập thảo am tu hành tại xứ Cẩm Phô, Hội An. Vì thế, những đệ tử đầu của Ngài được đặt pháp danh là chữ THIỆT và pháp tự là chữ CHÁNH.
Chính sự xác lập ngay từ đầu này giúp chúng ta ngày nay dễ dàng nhận ra vị thiền sư nào là đệ tử ngài Minh Hải. Bởi vì, cùng thời với Ngài, có rất nhiều vị thiền sư thuộc đời 34 dòng Lâm Tế với pháp danh chữ MINH theo bài kệ của ngài Vạn Phong–Thời Ủy hoằng hóa tại Ðàng Trong. Các vị này cũng cho đệ tử pháp danh chữ THIỆT theo câu kệ: “Hành siêu minh thiệt tế”. Nếu không có pháp tự bằng chữ CHÁNH đứng đầu thì chúng ta khó phân biệt vị nào thọ giáo với thiền sư Minh Hải.