Năm Giáp Thìn (1964), Hòa thượng Thị Huệ Bảo An trùng kiến lại toàn bộ chùa Hưng Khánh một cách quy mô và khang trang như ngày nay. Cùng năm đó, chính trường trong nước gặp nhiều biến cố, cuộc chiến ở miền Trung Việt Nam ngày một trở nên khốc liệt. Trước tình hình đó, Hòa thượng nhận lãnh trách nhiệm dẫn dắt những Tăng sinh đang tu học tại Phật học viện Nguyên Thiều thời bấy giờ vào Sài–gòn lánh nạn. Tại Sài–gòn, Hòa thượng được tín đồ cung thỉnh nhận chức trú trì Niệm Phật Ðường ấp Tây Ba, Phú Nhuận. Cuối năm đó, Hòa thượng xây dựng khang trang lại ngôi Niệm Phật Ðường này và cải hiệu thành Giác Uyển tự. Cùng năm, GHPGVNTN tỉnh Bình Ðịnh thành lập, Ngài được mời làm Ðặc ủy nghi lễ của Giáo hội.