Năm 1904

Năm Giáp Thìn (1904), trận bão lụt lớn nhất miền Nam thời ấy, gây tai họa thảm khốc cho nhân dân Gò Công. Ngài Như Hiền Chí Thiền đích thân quy nạp ghe thuyền với sự trợ sức của Tăng tín đồ tỉnh Gò Công, cứu giúp gần một vạn người đang bị nước cuốn trôi. Giữa trận mưa bão tơi bời, hình ảnh Tăng sĩ vật lộn với thiên tai đã đem lại lòng tin nơi những người cộng sự và để lại trong lòng người dân tỉnh Gò Công một hình ảnh hết sức tốt đẹp và cao quý. Nhất là nơi vàm Ốc Len ngay chính ghe cứu nạn của Ngài bị lật úp, nhưng với tinh thần từ bi cao cả và bình tĩnh sáng suốt, Ngài đã nhanh chóng biến nguy nan thành sức mạnh tự tại, nhờ đó mà vượt qua được nạn tai.Sau trận bão lụt, ngoài việc tiếp tục lo tìm xác thu lượm chôn cất và làm lễ cầu siêu cho những người xấu số, Ngài còn vận động xây cất nhà cửa, dọn dẹp những căn nhà đổ nát và cấp phát thuốc men ngừa bệnh. Ngày rằm tháng chạp năm đó, Ngài trở về quê cũ thăm mẫu thân thì mẹ đã qua đời. Ngài lo an táng và cầu siêu cho mẹ đến chung thất mới trở lại chùa.

Sau khi sắp đặt cắt cử mọi việc trong chùa xong, Ngài cùng một thị giả đến chùa Giác Sơn, từ giã huynh đệ thẳng đường đến núi Sam – Châu Đốc, ẩn dật tu hành. Khi đi ngang kênh Vĩnh Tế, Ngài được ông Năm Thanh đưa sang bờ và hướng dẫn đến chùa Phi Lai Cổ Tự lễ Phật. Đây là ngôi chùa vách đất, vắng vẻ hoang vu, do đó khi lễ Phật xong Ngài cùng thị giả đi thẳng qua hướng Thạch động, núi Cấm, yên chí tu hành nhưng không quên ngôi chùa vắng vẻ đìu hiu ấy. Ông Năm Thanh, sau khi tiễn Ngài lên núi, trở về bàn cùng hương chức và Phật tử địa phương cung thỉnh Ngài trụ trì chùa Phi Lai và được Ngài hứa khả. Chùa Phi Lai sau đó được Ngài về trụ trì. Nhờ uy đức và hạnh nguyện, Ngài đã biến nơi đây thành chốn già lam đông đúc Tăng tín đồ đến thọ pháp, cuộc sống người dân quanh vùng có biến đổi mới mẻ và chan hòa ý sống tình đạo.