Năm 1299
Năm 1299, Trần Nhân Tông (1258 – 1308) lên núi Yên Tử xuất gia, lấy hiệu là Trúc Lâm Đại Đầu Đà, được coi là Sơ Tổ phái Thiền Trúc Lâm. Phong trào học Phật kể từ đây được phát khởi mạnh và đại chúng hóa. Chùa Vân Yên trên núi Yên Tử trở thành một trung tâm Phật giáo đời Trần, đào tạo được nhiều vị quốc sư như Viên Chứng, Đại Đăng, Tông Cảnh, Bảo Phác, Phù Vân, Vô Trước, Quốc Nhất. Hàng năm chùa Vân Yên tổ chức an cư kiết hạ ba tháng, tăng sĩ trong nước về tham dự rất đông. Trần Nhân Tông chủ trương: việc duy trì Phật pháp là nằm ở quốc vương đại thần, như lời bạt của Trần Khắc Chung trong cuốn Trần Triều Tuệ Trung Thượng Sĩ Ngữ Lục. Hai người tạo ảnh hưởng quan trọng đối với ông là Tuệ Trung Thượng Sĩ (Trần Quốc Tung, thầy ông) và vua Trần Thánh Tông (Vô Nhị Thượng Nhân, cha ông). Trong bài pháp giảng vào tháng giêng 1306, Trần Nhân Tông ca ngợi hai người là “ơn mưa pháp đã thấm tới cho cháu con được tắm gội”( Lê Mạnh Thát, TTTNT tr. 241).
Phái Thiền Trúc Lâm chủ trương lấy sự học hỏi kinh điển làm trọng, tổng hợp Thiền và Giáo, tổng hợp Phật nho và Lão. (Trần Nhân Tông: giáo lý của đức Phật ta phải nhờ Tiên Thánh mà truyền lại cho đời). Đạo Phật Trúc Lâm là một nền Phật giáo độc lập, chủ trương nhập thế, đạo phụng sự cho đời sống. Sách Phật Giáo Pháp Sự Đạo Tràng Công Văn Cách Thức (VNPGSL 1, tr. 412) được ấn hành năm 1299, quy định các sớ, tấu, điệp và các bản văn dùng trong các nghi thức như thọ giới, cầu an, cầu siêu … Các sớ điệp ghi tên họ những người xin cầu an, cầu siêu, thọ giới bằng chữ Nôm. Tác phẩm quan trọng của Trần Nhân Tông, Cư Trần Lạc Đạo, là một trong vài tác phẩm chữ Nôm xưa nhất còn truyền lại.
Trần Nhân Tông lên ngôi vua năm 1279, tới năm 1293 (Quý Tị) nhường ngôi cho con là Trần Anh Tông, lên làm Thái Thượng Hoàng. Dưới triều đại của ông, quân dân ta đánh đuổi được hai cuộc xâm lăng của quân Mông Cổ (1285-1288). Năm 1285 và 1288, ông phong tặng gia hiệu cho các anh hùng liệt nữ, anh linh lịch sử của đất nước. Sau các cuộc chiến tranh Lào Việt chấm dứt vào năm 1295, Trần Nhân Tông đã thực tập xuất gia ở chùa Võ Lâm, Ninh Bình.
Năm 1301 ông đi quan sát tình hình Phật giáo tại Chiêm Thành, tại đây hứa gả công chúa Huyền Trân cho vua Chiêm là Chế Mân. Năm 1304 ông đi dạo khắp nước, khuyên dân chúng giữ 5 giới, tu mười điều lành (thập thiện) và phá bỏ đền thờ những vị thần không có phẩm hạnh (gọi là dâm từ).
Các ông vua thiền sư đời Trần như Trần Thái Tông, Trần Nhân Tông thường được gọi là Bụt Vàng, Vua Bụt, Điều Ngự Vương. Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông được thờ ở chùa Thiên Trúc (chùa Đồng Vĩ vì mọi kiến trúc đều bằng đồng) ở Đông Triều, tỉnh Hải Dương.