Năm 1460, Á Quận Hầu Đinh Liệt liên kết với nhiều quan văn võ trong triều âm mưu đảo chánh, giết bọn tâm phúc của Lạng Sơn Vương Nghi Dân, lật đổ Nghi Dân, giáng xuống tước Hầu và lập Bình Nguyên Vương Tư Thành lên ngôi, lấy hiệu là Lê Thánh Tông (1460 – 1497).
Nghi Dân là con cả của vua Lê Thái Tông, giết Tuyên Từ Hoàng Thái Hậu và tự lập làm vua năm 1459. Trong 8 tháng cầm quyền, nhiều quan lại bị ông ra lệnh giết một cách oan uổng.
Cuộc đảo chánh kết liễu, để ngăn không cho tin tức này tiết lộ ra ngoài, vua Lê Thánh Tông ra chiếu chỉ cấm tăng sĩ và đạo sĩ không được liên lạc với nội cung vì các bà hoàng và phi tần là những Phật tử ngoan đạo. Bốn năm sau, ông lại xuống chiếu cấm dựng thêm chùa mới.
Vì thiên kiến của vua Lê Thánh Tông (là một vị anh quân nhà Lê đưa xã hội vào quy củ ổn định) đối với Phật giáo, các tác phẩm của dòng Thiền Trúc Lâm không được giới trí thức ngó ngàng tới. Thậm chí trạng nguyên Lương Thế Vinh còn bị quan lại triều đình chê cười vì “sáng tác kinh Phật”. Để phản ứng lại, Phật giáo dân gian ở nước ta hình thành thể loại văn học kể hạnh, còn gọi là hát kệ về công hạnh của các thiền sư đời trước. Nhờ vậy văn Nôm được phát triển trong dân gian vào thời kỳ này , dù bị Nho gia bài bác “nôm na là cha mách qué!”.
Thời vua Lê Thánh Tông, Nho học phát triển rất mạnh. Số tiến sĩ bằng 1/5 tổng số tiến sĩ trong các khóa thi từ thời vua Lý đến triều Thành Thái (2353 vị), trong đó có 9 trong tổng số 30 trạng nguyên. Đạo luật Hồng Đức được ban vào thời này là một điểm son trong lịch sử luật pháp VN vì tính cấp tiến và dân chủ của nó. Sau nhiều cuộc Nam chinh, nhà vua chấm dứt được họa chiến tranh với Chiêm Thành, Lão Qua và Bồn Man (các nước ở phía Tây và Nam).