Năm 1803, Ngô Thời Nhiệm được lệnh triều đình mới ra trình diện Tổng Trấn Bắc Thành và bị vua Gia Long sai đánh đòn tại Văn Miếu. Ông từ trần vì trận đòn nặng tay này.
Sự quy tụ đông đảo trí thức lớn đương thời tại thiền đường Trúc Lâm của Hải Lượng Thiền Sư (vào lúc đường công danh của ông không còn sáng sủa) cho thấy thiền phái Trúc Lâm vẫn tiếp tục trường tồn, chứ không phải bị tàn lụi sau khi tổ Huyền Quang tịch (năm 1334) như một số quan niệm sai lầm hiện nay.
Từ thế kỷ 15 , sau khi Lê Lợi dành lại độc lập cho đất nước, lập nhà Hậu Lê, các công thần như Trần Nguyên Đán và cháu ngoại ông là Nguyễn Trãi hẳn đã vận động để Phật Giáo trở thành một trong các đề tài thi bắt buộc ở thi Đình, mà đa số câu hỏi liên hệ tới dòng thiền Trúc Lâm. Trước Hải Lượng Thiền Sư, Chân Nguyên Tuệ Đăng Thiền Sư (1647 – 1726) nỗ lực phục hồi dòng thiền Trúc Lâm bằng cách cho khắc in các tác phẩm của các tổ Trúc Lâm và dặn dò đệ tử tiếp tục công trình này, lại còn viết Thiền Tông Bản Hạnh về đường lối tu tập của các vị vua đầu nhà Trần. Sau Hải Lượng, thiền sư An Thiền Phúc Điền (1790 – 1860) viết và cho in Đại Nam Thiền Uyển Kế Đăng Lược Lục vào năm 1858 ghi danh sách 23 vị tổ sư thuộc truyền thống Yên Tử, khởi đầu từ Hiện Quang Tổ Sư (tịch năm 1221) và chấm dứt ở Vô Phiền Đại Sư. Phần kế tiếp, trong tác phẩm Ngự Chế Thiền Điển Thống Yếu Kế Đăng Lục, thiền sư Như Sơn ghi 6 đời truyền thừa của Chân Nguyên (được coi là nối tiếp truyền thống Trúc Lâm) từ 1700 tới 1850: Như Trừng, Tính Tuyên, Hải Quýnh, Tịch Truyền, Chiếu Khoan và Phổ Tịnh.