Năm 1861

Năm (1861 – 1865) tháng 2.1861, quân Pháp do đô đốc Charner chỉ huy đánh chiếm đồn Kỳ Hòa ở Gia Định. Sau đó quân Pháp trưng dụng 4 ngôi chùa nổi tiếng của Gia Định là chùa Khải Tường, Cây Mai, Kiểng Phước và đền Hiếu Trung lập phòng tuyến gọi là “ Lignes des Pagodes” (phòng tuyến các chùa). Tượng Phật bị lôi ra ngoài, sư tăng bị đuổi khỏi chùa.

Chùa Khải Tường từng được sắc phong là “Quốc Ân Khải Tường”, xây năm 1843, sau này bị Pháp biến luôn thành trường học.

Chùa Kiểng Phước tới năm 1866 chỉ còn vài thanh gỗ mục.

Chùa Cây Mai bị biến thành lô cốt rồi thành nhà giam. Đền Hiếu Trung còn lại vài bức tường nằm trong doanh trại lính Pháp. Quân Pháp cũng cho triệt hạ nhiều chùa khác: chùa Pháp Võ và Kim Tiên ở Chợ Quán (1863), chùa Phước Hưng ở Chợ Lớn (1864), chùa Kim Chương, Phật Lớn gần thành Ô Ma, chùa Phước Hải ở khu bệnh viện Chợ Rẫy sau này, Chùa Gia Điền ở Chợ Quán (1865).

Tháng 6.1867 Pháp chiếm nốt ba tỉnh miền Tây, lập chính quyền bảo hộ trên toàn Nam Bộ. Cụ Phan Thanh Giản tuẫn tiết bằng thuốc độc ngày 7 tháng 8. 1867.

Pháp bắt các tăng sĩ đi lính và đóng thuế thân, các chùa muốn tổ chức trường hương (an cư kiết hạ) phải xin phép trước. Hậu quả của pháp nạn này tại miền Nam có thể thấy qua bản phúc trình chép tay “Monographie de la province de Gia Dinh” của J.Ch. Balencie năm 1899: Gia Định lúc đó có 305 chùa, trong đó có 43 chùa Hoa. Tu sĩ có 82 tăng, 49 ni. Phật tử 211,194. Nghĩa là trên phân nửa chùa không có tăng ni coi sóc. Phúc trình năm 1902 của cùng tác giả cho biết tình hình Phật giáo tại Gia Định 3 năm sau: 412 chùa, 132 tăng, 55 ni, 212,194 Phật tử (PGNB, tr.31).