Năm 1948, trường Sơn Môn Phật Học chùa Linh Quang được dời về chùa Báo Quốc, Hòa Thượng Thích Trí Thủ được giao phó trách nhiệm Giám Đốc Phật Học Đường Báo Quốc. Từ thập niên 50, nhiều học tăng từ Sài Gòn và Hà Nội được gởi tới đây tu học. Trong 3 thập niên 50, 60 và 70 Phật Học Đường Báo Quốc đào tạo nhiều tăng tài sau này đảm trách các chức vụ trọng yếu trong giáo hội từ trung ương tới các địa phương, cung cấp giảng sư cho các Tỉnh Hội Phật Giáo, các cố vấn giáo lý cho các đơn vị Gia Đình Phật Tử, giáo sư Phật pháp cho các trường tư thục Bồ Đề tại miền Trung.