Năm 1951 (ngày 6 tháng 5) vào lễ Phật Đản, Tổng Hội Phật Giáo Việt Nam được thành lập theo quyết nghị đại hội có 51 đại biểu tham dự họp tại chùa Từ Đàm, Huế. Sáu đoàn thể tham dự Đại Hội là Giáo Hội Tăng Già Bắc Việt và Hội Phật Giáo Việt Nam (Bắc), Giáo Hội Tăng Già Trung Việt và Hội Việt Nam Phật Học (Trung), Giáo Hội Tăng Già Nam Việt và Hội Phật Học Nam Việt. Đứng đầu tập đoàn miền Bắc là thiền sư Mật Ứng, phát ngôn viên là thiền sư Trí Hải. Lãnh đạo tập đoàn miền Trung là Hòa Thượng Tịnh Khiết, phát ngôn viên là thiền sư Trí Quang. Lãnh đạo tập đoàn miền Nam là thiền sư Đạt Thanh, phát ngôn viên là thiền sư Thiện Hòa. Nhạc sĩ Lê Cao Phan sáng tác bản nhạc Phật Giáo Việt Nam để chào mừng sự thống nhất Bắc Nam Trung này. Năm 1964, bản nhạc này trở thành bản đạo ca chính thức.
Hòa Thượng Trí Quang cho rằng trong việc thành lập Tổng Hội có 3 đoàn thể “thiếu hoa hỉ ”. Trong loạt bài trên tạp chí Phật Giáo Việt Nam năm 1959, tác giả Trọng Đức cho rằng quần chúng thời đó trách cứ thiền sư Trí Quang (Hội Việt Nam Phật Học) và cư sĩ Mai Thọ Truyền (Hội Phật Học Nam Việt) về việc trì trệ sự thống nhất Phật Giáo. Nhất Hạnh (VNPGSL 3, tr. 339) nhận xét: Trí Quang thông minh nhưng quá nhiều tự tín nên gặp phải những trở lực từ nội bộ vì có những quyết định quan trọng mà ông không chịu tham khảo ý kiến tập thể.
Dựa vào dụ số 10 nói trên, chính quyền bắt gọi là Hội Phật Học mới cấp giấy phép, cấm dùng danh xưng Phật Giáo. Chính quyền của thủ tướng Nguyễn Văn Tâm ra lệnh triệt hạ bảng hiệu văn phòng, HT Hội Chủ Thích Tịnh Khiết bị bắt phải nạp khuôn dấu, thành phần Ban Quản Trị Trung Ương người bị bắt, người phải lánh nạn. Do nỗ lực của TT Thích Trí Quang, đầu năm 1953, Tổng Hội mới được chính thức cấp giấy phép với danh nghĩa Tổng Hội Phật Học Việt Nam. Cho tới năm 1956, dưới chính quyền Ngô Đình Diệm, ông lại vận động để Tổng Hội mới mang danh là Tổng Hội Phật Giáo Việt Nam, đặt trụ sở tại chùa Ấn Quang, Sài Gòn.