Năm 1963, Cuộc tranh đấu của Phật Giáo năm 63 khởi đầu là phản ứng của quần chúng Phật Tử, có sự tham dự và kết hợp đồng bộ của các đoàn thể Phật Giáo trong cả nước, giới sinh viên học sinh, Giáo sư Đại Học, Nhân sĩ trí thức và kết thúc bằng cuộc đảo chính của các tướng lãnh.
Chiều ngày 7 tháng 5, Cảnh Sát Huế đi khắp thành phố thông báo lệnh cấm treo cờ Phật Giáo và tháo gỡ các cờ này treo tại tư gia và hương án bên đường. Sau khi có sự chất vấn của tăng già Huế và đồng bào biểu tình, Thị Trưởng Huế cho loa phóng thanh khắp nơi xác nhận đồng bào được phép treo cờ Phật Giáo trong lễ Phật Đản.
Ngày 8 tháng 5, lễ Phật Đản, đài phát thanh Huế không phát thanh buổi lễ Phật Đản vào 8 giờ tối cùng ngày theo lệ thường. Phần gây sôi nổi trong buổi lễ là lời phát biểu của TT Trí Quang về vấn đề triệt hạ cờ Phật Giáo. Khi quần chúng được biết có lệnh cấm phát thanh buổi lễ Phật Đản, khoảng 6 ngàn đồng bào tập trung biểu tình phản đối tại đài phát thanh Huế. Trong lúc TT Trí Quang và Tỉnh Trưởng NVĐ đang thương thảo về việc cho phát thanh buổi lễ trong tối đó thì quân đội dưới quyền thiếu tá ĐS nổ đạn mã tử và lựu đạn cay tạo nên một cảnh hỗn loạn, rồi súng trường và xe tăng được sử dụng để giải tán đám biểu tình. Bác sĩ Erich Wulff, giáo sư người Đức dạy tại Đại Học Y Khoa Huế cho biết có 7 tử thương, trong đó 5 xác trẻ em bị bắn nát đầu trong nhà xác bệnh viện Huế. Ông đã chuyển được hai tấm hình chụp những xác này cho vài tờ báo Tây Đức qua ngả Nam Vang.
Ngày 9 tháng 5, chính quyền loan tin Việt Cộng trà trộn vào đám biểu tình ném lựu đạn làm 8 người chết, 4 người bị thương. Quân đội tuần hành trong thành phố, Cảnh Sát túc trực ở các ngã đường, tất cả trong tư thế sẵn sàng tác chiến.
Ngày 10 tháng 5, các vị lãnh đạo Phật Giáo họp tại chùa Từ Đàm ( HT Tịnh Khiết, TT Mật Nguyện thuộc Giáo Hội Tăng Già Trung Phần, TT Trí Quang thuộc Hội Phật Giáo VN Trung Phần, TT Mật Hiển đại diện Phật Giáo Thừa Thiên và TT Thiện Siêu đại diện Tỉnh Hội Phật Giáo Thừa Thiên) soạn thảo và gởi tới Tổng Thống Diệm bản Tuyên Ngôn 5 điểm về 5 nguyện vọng của Phật Giáo Đồ yêu cầu chính phủ: thu hồi công điện ra lệnh triệt hạ cờ Phật giáo, Phật Giáo được hưởng quy chế đặc biệt như các hội truyền giáo Thiên Chúa Giáo, chấm dứt tình trạng khủng bố Phật tử, cho tăng ni Phật giáo được tự do hành đạo, đền bồi những người bị chết oan và trừng trị các kẻ chủ mưu. Ngày 15 tháng 5, tại chùa Từ Đàm, Bản Phụ Đính giải thích về 5 nguyện vọng trên được công bố: Phật Giáo VN không chủ trương lật đổ chính phủ, PGVN không xem ai là kẻ thù, không tranh đấu với tư cách một tôn giáo chống một tôn giáo, tranh đấu theo đường lối bất bạo động cho bình đẳng tôn giáo và công bằng xã hội; PGVN không chấp nhận bất cứ ai lợi dụng cuộc tranh đấu này. Cùng ngày, một phái đoàn Phật Giáo tới Dinh Gia Long, yết kiến Tổng Thống Diệm, trao cho ông bản Tuyên Ngôn Ngạy diểm và trình bày các giải thích về nguyện vọng của Phật Giáo. Sau 3 giờ trao đổi, Tổng Thống Diệm đổ lỗi vụ chết người tại Đài Phát Thanh Huế cho Cộng Sản và đưa ra vài hứa hẹn mơ hồ. Ngày 16 tháng 5, phái đoàn Phật Giáo họp báo tại chùa Xá Lợi, công bố Bản Tuyên Ngôn 5 điểm và Bản Phụ Đính.
Ngày 20 tháng 5, một tài liệu 45 trang liệt kê những vụ đàn áp, bắt bớ, thủ tiêu Phật tử trong nhiều năm qua được gửi tới chính phủ.
Ngày 21 tháng 5, lễ cầu siêu cho các nạn nhân tại Đài Phát Thanh Huế được Hội Chủ Tổng Hội PGVN ra lệnh tổ chức trên toàn quốc. Tại Sài Gòn, một ngàn tăng ni tập trung tại chùa Ấn Quang rước linh vị các nạn nhân về chùa Xá Lợi. Trong khi đó 350 tăng ni từ chùa Xá Lợi diễn hành về Quốc Hội. Tại chùa Từ Đàm Huế, sau lễ cầu siêu, toàn thể tăng ni bắt đầu tuyệt thực, có khoảng 2 ngàn Phật tử cùng tham dự.
Ngày 25 tháng 5, HT Tịnh Khiết triệu tập cuộc họp giữa các đại diện các tổ chức và môn phái Phật Giáo. Ủy Ban Liên Phái Phật Giáo được thành lập để chỉ đạo cuộc tranh đấu này, TT Tâm Châu làm Chủ Tịch. Bản Tuyên Ngôn bày tỏ quyết tâm đoàn kết tranh đấu bất bạo động cho 5 nguyên vọng của Phật Giáo mang chữ ký của 11 đại diện được công bố.
Ngày 31 tháng 5 tăng ni tổ chức tuyệt thực , có quần chúng tham dự. Đại diện sinh viên các phân khoa Viện Đại Học Huế họp tại chùa Từ Đàm tung thư ngỏ kêu gọi sinh viên học sinh đoàn kết sau lưng các nhà lãnh đạo Phật Giáo, đồng thời lập kiến nghị yêu cầu chính phủ giải quyết 5 nguyện vọng chính đáng và tối thiểu của Phật Giáo. Quần chúng biểu tình và diễn hành ủng hộ 5 nguyện vọng của Phật Giáo ở nhiều nơi. Cư sĩ Mai Thọ Truyền, Hội Trưởng Hội Phật Học Nam Việt kêu gọi các tỉnh hội trực thuộc phối hợp với Giáo Hội Tăng Già Nam Việt tổ chức tranh đấu tại miền nam. Lực lượng Cảnh Sát và Mật Vụ bao quanh các chùa Xá Lợi (Sài Gòn), Từ Đàm, Báo Quốc, Linh Quang (Huế) từ chiều 30 tháng 5.
Ngày 3 tháng 6, Cảnh Sát dùng lựu đạn cay và lựu đạn khói giải tán các người biểu tình toan tập trung về chùa Từ Đàm. Từ ngày 4 tháng 6, quân đội được sử dụng để phong tỏa các chùa thuộc Hội Phật Giáo Việt Nam và Giáo Hội Tăng Già Trung Việt. tại một số tỉnh miền Nam, các đoàn thể Phật Giáo bị bắt ép ký tên ủng hộ chánh quyền, các người tình nghi là lãnh đạo cuộc tranh đấu tại địa phương bị theo dõi, bị bắt, bị tra tấn.
Ngày 11 tháng 6 HT Quảng Đức ( Lâm Văn Tức 1897- 1963), Trưởng ban Nghi Lễ Giáo Hội Tăng Già Nam Việt tự thiêu tại Sài Gòn. Oai nghi của ông khi lửa cháy xác thân, bức thư để lại mà ông gọi là Lời Nguyện Tâm Huyết, và nhất là trái tim đã biến thành xá lợi của ông đã làm chấn động lòng người. Chính phủ phải thành lập Ủy ban Liên Bộ gồm Phó Tổng Thống Nguyễn Ngọc Thơ và các Bộ Trưởng Phủ Tổng Thống, Bộ Trưởng Nội Vụ họp với Phái Đoàn Phật Giáo do TT Thiện Minh hướng dẫn để giải quyết ổn thỏa 5 nguyện vọng của Phật Giáo. Sau 3 ngày họp (từ thứ sáu 14 tháng 6 tới trưa chủ nhật 16 tháng 6), một bản Thông Cáo Chung được công bố.
Chính quyền một mặt trì hoãn việc thực hiện các điều khoản của Bản Thông Cáo Chung, mặt khác thương lượng với vài tu sĩ Cổ Sơn Môn để thành lập Tổng Hội Phật Giáo Cổ Sơn Môn đối lập với khối Phật Giáo tranh đấu. Lực lượng Thanh Niên Cộng Hòa do Cố Vấn Ngô Đình Nhu làm thủ lãnh được học tập để sẵn sàng chống lại phong trào Phật Giáo.
Ngày 7 tháng 7, nhà văn Nhất Linh tự tử để phản đối việc chính phủ NĐD bắt bớ và đưa ông và những nhân sĩ khác ra tòa xử tội đối lập. Ngày 13 tháng 7, khoảng 40 ngàn người dự tang lễ ông. Sinh viên học sinh góp phần tích cực trong việc tổ chức tang lễ này.
Ngày 16 tháng 8, HT Tiêu Diêu tự thiêu tại chùa Từ Đàm lúc 4 giờ sáng. Đáp lời kêu gọi của lãnh đạo Phật Giáo, toàn thể chợ, trường học, xí nghiệp, công tư sở tổng đình công. Chính quyền Huế bao vây các chùa, ban hành lệnh thiết quân luật và giới nghiêm toàn diện. Năm ngàn Phật Tử túc trực tại chùa Từ Đàm bảo vệ nhục thân ông vì sợ chính quyền sẽ cướp đi. Viện trưởng Đại Học Huế, Linh Mục Cao Văn Luận bị bãi chức vì phản đối chính phủ. Năm Khoa Trưởng và Giám Đốc Học Vụ Đại Học Huế cùng 30 nhân viên giảng huấn và toàn thể giảng viên Viện Hán Học Huế ra thông cáo từ chức tập thể. Tại Sài Gòn, Ủy Ban Liên Phái gởi điện cho Tổng Thư Ký Liên Hiệp Quốc và các tổ chức Phật Giáo nhiều nước Á Châu lời kêu gọi can thiệp để chấm dứt sự ngược đãi tôn giáo đã trở thành dã man.
Đêm 20 tháng 8, chính quyền sử dụng Lực Lượng Đặc Biệt tấn công đồng loạt các chùa tham gia phong trào Phật Giáo trên toàn quốc. Khoảng 250 tăng ni bị bắt trong cuộc tấn công chùa Xá Lợi, nhưng TT Trí Quang đã trốn qua cơ quan Mỹ USOM ở kế đó và xin tị nạn. Vì các nhà lãnh đạo Phật Giáo được mật báo từ chiều hôm đó, nên TT Trí Quang có thể thông báo cho báo chí ngoại quốc về kế hoạch tấn công Phật Giáo này. Mãi tới sáng ngày 2 tháng 11, ông mới rời khỏi nơi đây trở về chùa Ấn Quang.
Sáng 21 tháng 8, lệnh thiết quân luật được ban hành trên toàn lãnh thổ, xe phóng thanh và truyền đơn loan báo khắp nơi “chính phủ đã diệt xong bọn phản động”. Trong cuộc họp nội các sáng đó, Tổng Thống Diệm thông báo về việc đánh chiếm các chùa và bắt giữ “bọn tăng ni làm loạn”. Ngoại Trưởng Vũ Văn Mẫu bỏ phòng họp, về cạo đầu và nạp đơn từ chức. Sau đó ông đi tìm các bạn bè trong giới giáo sư đại học, vận động thành lập Phong Trào Trí Thức Chống Độc Tài. Chiều 21, sinh viên Trung Tâm Kỹ Thuật bãi khóa. Chiều 22, bác sĩ Phạm Biểu Tâm, Khoa Trưởng Y Khoa Sài Gòn, nạp đơn từ chức và bị bắt ngay. Nghe tin đó, toàn thể sinh viên Y Khoa lập tức lên đường một mặt vận động giáo sư của Viện Đại Học Sài Gòn từ chức tập thể, mặt khác vận động toàn thể sinh viên thành lập được Ủy Ban Chỉ Đạo Sinh Viên Liên Khoa gồm 18 sinh viên đại diện tất cả các khoa. Ngay trong ngày 23, Ủy Ban quyết nghị bản Tuyên Ngôn gồm 4 điểm yêu cầu chính quyền tôn trọng và bảo vệ tự do tín ngưỡng, chấm dứt khủng bố Phật Giáo, trả tự do cho những người bị bắt bớ, giải tỏa các chùa, ban bố tự do ngôn luận. Ủy Ban được đổi tên thành Ủy Ban Chỉ Đạo Sinh Viên Và Học Sinh. Bản Tuyên Ngôn này được công bố sáng ngày 24 trước sự hiện diện của trên 3 ngàn sinh viên học sinh đón tiếp giáo sư Vũ Văn Mẫu tại trường Luật Khoa Sài Gòn. Mặc dù ngay trong cuộc biểu tình ngày 25 tháng 8 của sinh viên,học sinh trước chợ Bến Thành, Cảnh Sát Chiến Đấu đã bắn vào đám biểu tình (nữ sinh Quách Thị Trang bị trúng đạn tử thương), học sinh các trường Kỹ Thuật Cao Thắng, Mỹ Thuật Gia Định, Chu Văn An, Trưng Vương, Gia Long liên tục là tiên phong trong phong trào bãi khóa và tranh đấu. Số học sinh Sài Gòn bị chính quyền bắt tới gần 2 ngàn người. Phong trào này lan nhanh tới học sinh các tỉnh.
Đầu tháng 9, chính phủ cử một phái đoàn Dân Biểu do bà Ngô Đình Nhu hướng dẫn đi nhiều nước (kể cả Nam Tư) để “giải độc dư luận thế giới”là chính quyền Ngô Đình Diệm không khủng bố, không bắt bớ, không giam cầm, không tra tấn Phật Giáo Đồ, không kỳ thị đàn áp Phật Giáo. Tới ngày 1 tháng 11, phái đoàn này vẫn còn ở ngoại quốc.
Ngày 7 tháng 10, Đại Hội Đồng Liên Hiệp Quốc họp thảo luận về tình hình Việt Nam và quyết định đề cử một phái đoàn qua điều tra về tình trạng đàn áp Phật Giáo. Sư ông Nhất Hạnh lúc đó đang ở New York đã chỉ dẫn cho phái đoàn các phương pháp thu thập được chính xác các sự kiện. Phái đoàn này tới Sài Gòn rạng sáng 24 tháng 10.
Ngày 1 tháng 11, quân đội đảo chánh lật đổ chế độ Ngô Đình Diệm. Ngay từ tháng 7, nhiều nhóm quân đội đã có ý tổ chức đảo chánh lật đổ Tổng Thống Diệm.
Ngày 31 tháng 12, các hội đoàn Phật giáo họp tại chùa Xá Lợi thành lập Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất và soạn thảo bản Hiến Chương. Các đoàn thể và người đại diện gồm: Ủy Ban liên Phái Phật Giáo, TT Tâm Châu – Giáo Hội Tăng Già Bắc Việt, TT Tâm Giác – Thiền Tịnh Đạo Tràng, TT Minh Trực – Giáo Hội Nguyện Thủy Việt Nam, TT Pháp Tri – Giáo Hội Theravada, Lục cả Lâm Em – Giáo Hội Tăng Già Bắc Việt tại miền Nam, TT Thanh Thái – Giáo Hội Tăng Già Trung Phần, TT Huyền Quang – Giáo Hội Tăng Già Nam Việt, TT Thiện Hoa – Hội Phật Học Nam Việt, cư sĩ Chánh Trí Mai Thọ Truyền – Hội Phật Giáo Nguyên Thủy, cư sĩ Nguyễn Văn Hiếu – Hội Phật Giáo Trung Phần, TT Trí Quang – Hội Việt Nam Phật Giáo, cư sĩ Vũ Bảo Vinh – Đại diện Phật tử Theravada, cư sĩ Sơn Thái Nguyên. HT Thích Tịnh Khiết được suy tôn là Thượng Thủ Hội Chủ.
Ngày 12 tháng 1. 1964, TT Tâm Châu được bầu làm Viện Trưởng Viện Hóa Đạo.
Năm 1966 ngày 21 tháng 10 TT Tâm Châu với tư cách Viện Trưởng Viện Hóa Đạo triệu tập Đại Hội Đại Hội GHPGVNTN tại Việt Nam Quốc Tự (Sài Gòn). Chiều ngày 22, Đại Hội mới duyệt xong chương trình nghị sự. Ba giờ sáng ngày 23, một số tăng sĩ chức sắc trong GHPGVNTN dưới sự vận động của TT Trí Quang họp tại chùa Ấn Quang (Sài Gòn) họp thành lập Hội Đồng Viện Hóa Đạo GHPGVNTN, đề cử TT Thiện Hoa làm Viện Trưởng Viện Hóa Đạo. Vì Đại Hội tại Việt Nam Quốc Tự vẫn tiếp tục và thông qua bản Hiến Chương Giáo Hội mới nên có tới hai Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất dưới ảnh hưởng của TT Trí Quang (Ấn Quang, dùng bản Hiến Chương 1964) và TT Tâm Châu ( Việt Nam Quốc Tự, dùng bản Hiến Chương 1966). Những dấu hiệu trầm trọng của sự phân hóa đã bắt đầu xuất hiện từ tháng 5, tuy chỉ liên hệ tới vài cá nhân lãnh đạo Phật giáo. Sự phân hóa này trở thành tệ hại hơn khi có những cuộc bạo động giữa hai phe diễn ra nhắm vào việc nắm quyền sử dụng Việt Nam Quốc Tự. Sự phân hóa này lan tới các tăng ni sinh du học tại Nhật và các nước khác. Đa số nghiêng về phe Ấn Quang. Gần 20 năm sau, qua các bản tiểu sử tự thuật, cả hai vai chủ động trong sự phân hóa này vẫn còn những lời lẽ không được nhẹ nhàng khi nói về phe bên kia (xin xem các bản tự thuật này nơi trang nhà Internet www.quangduc.com, phần Nhân Vật Phật Giáo Việt Nam).