Ngày 16/7/1929, một cuộc hội nghị bàn về việc chấn hưng Phật giáo được tổ chức tại chùa Linh Sơn đã quy tụ đông đảo các Tăng, Ni, Phật tử cùng các cư sĩ, các nhà trí thức ở miền Nam tới tham dự như: Chư vị Hòa thượng Khánh Hòa (chùa Tuyên Linh), Từ Phong (chùa Giác Hải), Bửu Chung (chùa Phước Long), Thanh Ẩn (chùa Từ Ân), Hoằng Nghĩa (chùa Giác Viên, Phú Lâm), Pháp Ấn (chùa Phước Tường), Từ Văn (chùa Hội Khánh), Hoằng Ân (chùa Giác Lâm), Thiện Mĩ (chùa Phú Long), Từ Huệ (chùa Long Huê), Phước Tường (chùa Tập Phước), Hồng Hinh (chùa Giác Lâm), sư Thiện Chiếu (chùa Linh Sơn),… và ông Trần Nguyên Chấn làm việc ở Dinh Đốc lý Sài Gòn, bà Lê Thị Ngởi – nghiệp chủ Bến Tre. Sau bài phát biểu của ông Trần Nguyên Chấn, Sư Thiện Chiếu cũng đã đăng đàn kêu gọi các thành viên tham gia hội nghị nên tiến hành chấn hưng nhằm “xóa bỏ các hủ tục ở bên trong và tà thuyết ở bên ngoài bấy lâu nay làm cho lu mờ cái nhân nghĩa của Phật giáo, ngăn lấp cái đường sáng suốt của chúng sinh”.
Tại hội nghị này, các thành viên như Hòa thượng Khánh Hòa, sư Thiện Chiếu và Trần Nguyên Chấn đã đề nghị sửa đổi Hội Nam Kỳ Phật giáo thành Hội Nam Kỳ Nghiên cứu Phật học. Chủ đích là hướng các hoạt động của Hội thuần túy vào việc nghiên cứu giáo lý, kinh sách Phật giáo hầu mong thuận tiện trong việc xin giấy phép hoạt động. Cùng với việc sửa đổi danh xưng, một bản dự thảo điều lệ và quy tắc sinh hoạt mới với 84 điều khoản của Hội Nam Kỳ Nghiên cứu Phật học đã được giới thiệu đến các đại biểu tham dự. Bao gồm: Tôn chỉ 7 điều, cách tổ chức 4 điều, chức vụ và quyền hạn các thành viên 18 điều, chùa và tài sản của chùa 3 điều, quy ước (quy tắc) 52 điều.
Qua sự thảo luận và trao đổi về chương trình chấn hưng Phật giáo, hội nghị cũng đã bắt đầu nảy sinh nhiều xu hướng và quan điểm khác nhau. Một số thành viên đã tỏ ra không tán thành chương trình được đề xuất, một số khác biểu hiện sự lưỡng lự, lo ngại. Đơn cử như Hòa thượng Từ Văn (chùa Hội Khánh, Thủ Dầu Một) đã có ý kiến phát biểu rằng: “Các ngài có nhiệt tâm như thế, chúng tôi lấy làm hoan hỉ lắm, nhưng các ngài cứ lo tiến hành, còn phần chúng tôi thì xin để cho chúng tôi suy nghĩ lại”. Đối với những người tán thành thì họ xem xét lại những điều kiện cần và đủ để chính quyền thuộc địa có thể cấp phép hoạt động.
Nhằm tạo thế hợp pháp, cụ Trần Nguyên Chấn đã liên lạc với bà Suzanne Karpeles để bàn định việc thành lập Ban Bảo trợ Phật giáo Nam Kỳ, một hoạt động nằm trong mục tiêu và nhiệm vụ của Viện Viễn Đông Bác cổ (École française d’Extrême-Orient, viết tắt EFEO). Và đây là một tổ chức hợp pháp được chính quyền thuộc địa cho phép thành lập trong ý định tìm hiểu về đặc trưng văn hóa, tính cách con người Đông Dương nhằm hỗ trợ cho các chính sách cai trị. Cùng thời gian này, Hòa thượng Khánh Hòa đã đứng ra xuất bản tờ tạp chí Pháp Âm (La Voix Bouddhique) nhằm hướng đến việc kêu gọi bảo trợ cho Phật giáo. Tuy nhiên, vì “tự ý” xuất bản nên tờ Pháp Âm cũng chỉ ấn hành được 1 số thì buộc phải đình bản. Tiếp nối tinh thần này, sư Thiện Chiếu cho xuất bản tờ Phật hóa Tân Thanh niên nhưng cũng như Pháp Âm, tờ báo này chỉ ra được 1 số duy nhất.