Năm 1415
Năm 1415, Bình Định Vương Lê Lợi nổi lên khởi nghĩa chống lại quân Minh, năm 1427, quân Minh bị đánh bại phải rút quân về nước.
Phái thiền Trúc Lâm do Vua và hoàng gia nhà Trần sáng lập và truyền bá, nhiều người trong hoàng tộc nhà Trần và nhiều đại thần nhà Trần đều là thiền sư của phái Thiền Trúc Lâm hoặc qui y thọ giáo với phái thiền Trúc Lâm. Đồng thời, khi nhà Trần mất ngôi, một số hoàng tộc nhà Trần đã vào ẩn náu trong phái Thiền Trúc Lâm. Vì vậy, nếu muốn tiêu diệt hết hoàng tộc nhà Trần, Vua Lê Thái Tổ phải truy lùng dòng họ nhà Trần trong số các thiền sư Trúc Lâm hoặc ẩn náu trong các chùa chiền để tiêu diệt. Cũng chính vì thế, các thiền sư trong phái Thiền Trúc Lâm bị gây khó khăn và bị liên lụy, do đó, một số thiền sư Trúc Lâm phải lẩn trốn: rút vào rừng núi thâm sâu hoặc phải trốn ra ngoại quốc để ẩn tu. Trong tình thế đó, có thể một số thiền sư Trúc Lâm và một số hoàng gia nhà Trần đã phải lẩn trốn trong rừng núi, hoặc bỏ ra nước ngoài.
Có thể có một số thiền sư phái Trúc Lâm vào lẩn trốn ở vùng rừng núi hoặc vào tận vùng đất Đồng Nai để ẩn tu và dấu tông tích bằng cách dấu phái thiền Trúc Lâm lấy danh Lâm Tế để tránh những rắc rối về chánh trị đó. Vì vậy, phái thiền Trúc Lâm đã không có tài liệu truyền thừa rõ ràng từ sau Tam Tổ Huyền Quang, phái thiền Trúc Lâm chỉ được ghi chép và tài liệu còn lại chỉ có kể tương đối rõ ràng về Tam Tổ của Trúc Lâm (Trúc Lâm Đầu Đà, Pháp Loa, Huyền Quang) còn sau đó, không còn ghi chép gì nữa cả. Tuy nhiên cho đến thế kỷ 16 – 17 chúng ta lại thấy xuất hiện một số thiền sư thuộc phái thiền Trúc Lâm như: Viên Cảnh – Lục Hồ, Viên Khoan – Đại Thâm, Minh Châu – Hương Hải … ở vùng Quảng Trị – Thuận Hóa. Trường hợp của Viên Văn – Chuyết Chuyết (tức Hòa thượng Chuyết Công), Minh Thành – Tại Tại từ Trung Hoa sang hoằng hóa ở vùng đất Chân Lạp, qua Chiêm Thành – Đàng Trong, cuối cùng ra hoằng hóa ở Đàng Ngoài, cũng đã chịu nhiều ảnh hưởng của phái thiền Trúc Lâm.
Điều đó cho chúng ta thấy rằng: phái thiền Trúc Lâm không phải không còn sau khi nhà Trần mất ngôi mà phái thiền Trúc Lâm, vẫn còn tiếp tục truyền thừa, nhưng trong tình trạng lẩn trốn chính quyền nhà Hậu Lê, nên tài liệu và sự truyền thừa của phái thiền này rất thiếu sót.
Vì lý do chính trị đó, phái thiền Trúc Lâm bị mất dấu, mai một trong một thời gian, suốt từ năm nhà Trần mất ngôi (1400) cho đến đời nhà Mạc (1527 – 1593).