Năm 1088

Năm 1088, vua Lý Nhân Tông (1072 – 1127) phong Khô Đầu đại sư làm Quốc Sư. Quốc sư không chỉ làm cố vấn mà có khi còn đứng ngang hàng với tể thần xử đoán các việc và các kiện tụng. Tuy nhiên các quốc sư thời Lý Trần thường không mặc áo thế quyền, mà chỉ coi là thầy dạy đạo cho cả nước.

Cũng năm này, theo đề nghị của các quan, vua Lý Nhân Tông phân các chùa thành 3 loại:

1-Đại danh lam (chùa lớn).

2-Trung danh lam ( chùa vừa).

3-Tiểu danh lam ( chùa nhỏ). Các chùa có ruộng và có người cày ruộng do nhà nước cấp. Nhà vua đã cho xây dựng hơn 100 ngôi chùa trong cả nước.

Năm 1075 vua đặt ra phép thi Tam trường để kén người tài ra giúp nước. Những Nho sĩ muốn thi làm quan phải nghiên cứu sâu về đạo Phật.

Sau đời Lý Nhân Tông, các vua nhà Lý thường chết yểu, tân vương nhỏ tuổi nên Thái Hậu có nhiều quyền, đạo Phật dần dần mang nhiều mầu sắc mê tín, hòa nhập với đạo Lão hiện hành và tín ngưỡng cổ truyền có tính quyền năng còn sót lại trong dân gian.