Năm 1279

Năm hai 21 tuổi, Trần Nhân Tông lên ngôi Hoàng đế (1279). Tuy ở địa vị cửu trùng, mà ngài vẫn giữ mình thanh tịnh để tu tập. Thường ngày, ngài đến chùa Tư Phước trong đại nội để tu tập. Một hôm nghỉ trưa, ngài thấy trong rốn mọc lên một hoa sen vàng lớn bằng bánh xe, trên hoa sen có Đức Phật vàng. Tỉnh giấc, ngài đem việc đó tâu lên vua cha. Vua Thánh Tông khen là việc kỳ đặc. Ngài thường ăn chay lạt thân thể gầy ốm. Thánh Tông thấy thế lấy làm lạ, nên hỏi nguyên do. Ngài trình thật với cha. Thánh Tông khóc bảo: “Nay ta đã già, chỉ trông cậy một mình con, con lại làm như thế, làm sao gánh vác được sự nghiệp của tổ tiên?” Ngài nghe dạy cũng rơi nước mắt.
Ngài rất thông minh hiếu học, đọc hết các sách vở, suốt thông nội điển và ngoại điển. Những khi nhàn rỗi, ngài thường mời các thiền khách bàn giải về tâm tông (thiền), tham học thiền với Thượng Sĩ Tuệ Trung, thâm đắc đến chỗ thiền tủy. Đối với Thượng Sĩ, ngài kính lễ làm thầy.
Giặc Nguyên sang quấy rối, ngài phải xếp việc kinh kệ để lo giữ gìn xã tắc. Nhờ tình đoàn kết quân dân, ngài đã hai lần (1285, 1288) đuổi được quân Nguyên, giữ gìn trọn vẹn đất nước. Dưới triều đại ngài, hai cuộc hội nghị nổi tiếng được ghi vào sử sách là: hội nghị các tướng lãnh ở Bình Than, hội nghị những bô lão trong cả nước ở Diên Hồng để bàn mưu kế, tỏ quyết tâm chống giặc.