Năm 1317
Năm 1317, Văn Huệ Vương Trần Quang Triều (1286 – 1325) con cả của Trần Quốc Tảng và là cháu nội Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn cúng dường 40 vạn quan tiền trùng tu chùa Quỳnh Lâm. Ông là một nhà thơ lớn, tập Cúc Đường Di Tập của ông được Phan Huy Chú ca ngợi là “thanh thoát khá khen”. Ông xuất gia năm 1322 với thiền sư Pháp Loa sau khi vợ ông là công chúa Thượng Trân mất.
Tháng chạp 1324, ông lại cúng dường tổng cộng hơn ngàn mẫu ruộng ở Gia Lâm và hai nơi khác cùng hơn ngàn nông nô làm của Tam bảo cho chùa Quỳnh Lâm. Ông còn nhờ thiền sư Pháp Loa duyệt lại và thêm lời chú thích sách Tứ Phần Luật rồi cúng dường in 5 ngàn quyển cho tăng chúng học tập. Chùa Quỳnh Lâm qua sự cúng dường của ông trở thành một kiến trúc quy mô, với những cột to tới một người ôm. Thiền sư Bảo Sát trú trì chùa này, và trông coi việc ấn tống Đại Tạng Kinh tại đây vào năm 1319. Chùa Quỳnh Lâm là nơi lưu trữ hồ sơ của tất cả các tăng sĩ thuộc giáo hội Trúc Lâm đời Trần. Báo Ân, Siêu Loại và Quỳnh Lâm là 3 cơ sở lớn nhất của giáo hội Trúc Lâm thời Pháp Loa. Đời Trần Dụ Tông, Trương Hán Siêu (mất năm 1314) là người nổi tiếng bài xích Phật Giáo một cách cực đoan, được cử làm Giám Tự chùa Quỳnh Lâm. Có lẽ nhờ vậy, về cuối đời, ông đã phần nào thấm nhuần được ý nghĩa giải thoát của Phật pháp.
Chùa Quỳnh Lâm do thiền sư Định Không ( 730 – 808) lập lúc nước ta dưới thời đô hộ của nhà Đường. Thiền sư Không Lộ (Nguyễn Minh Không, tịch vào năm 1141 đời Lý Anh Tông), dựng tượng Phật A Di Đà là một trong 4 tác phẩm nghệ thuật lớn đời Lý gọi là Tứ Đại Khí. Ba tác phẩm khác do ông xây dựng là: tháp chùa Báo Thiên, đỉnh chuông chùa Phổ Minh và chuông chùa Phổ Lại. Khi quân Minh xâm chiếm nước ta (1407 – 1427), chúng phá hủy chùa Quỳnh Lâm. Chúa Trịnh Giang sau này cấp tiền và mộ phu tu sửa chùa hai lần vào các năm (1728 – 1732) và (1735 – 1746) tạo những trang trí thật đẹp. Đời Thiệu Trị (1840 – 1847) chùa lại bị đốt phá nhiều bộ phận chính.
Thời chiến tranh Việt Pháp, Việt Minh chiếm chùa làm chỗ đóng quân, treo cờ đỏ sao vàng lên. Phi cơ Pháp thấy, bỏ bom, chùa bị cháy hơn một tháng mới hết, chỉ còn lại nền chùa. Sau năm 1954, gạch của chùa được xung công để xây hợp tác xã nuôi heo ngay trước cửa chùa cũ. Năm 1985, khi chính quyền Cộng Sản bắt đầu chính sách cởi trói, dân chúng địa phương mới góp tiền xây được ba gian nhà gạch sơ sài trên nền chùa cũ để thờ Phật. Chùa Quỳnh Lâm được Bộ Văn Hóa nhà nước Cộng Sản xếp vào loại di tích lịch sử cần được bảo tồn !