Năm (1527 – 1592), triều đại nhà Mạc. Mạc Đăng Dung giết vua Lê Cung Hoàng, bà Thái Hậu và một số cận thần rồi lên ngôi năm 1527. Sử sách cũng gọi là Thời Nam Bắc Triều vì từ năm 1532, Nguyễn Kim phò vua Lê Trang Tông chiếm giữ Thanh Hóa, Nghệ An và vùng trong. Kể từ đó hai bên khi thì Bắc Triều (nhà Mạc) Nam chinh, khi thì Nam Triều (Trịnh Kiểm, sau đó là Trịnh Tùng) Bắc tiến.
Năm 1592, Trịnh Tùng bắt được vua Mạc Mậu Hợp đem chém, nhưng con cháu nhà Mạc vẫn còn hùng cứ từ miền trung du và duyên hải phía Bắc tới Cao Bằng cho tới năm 1667 mới tuyệt hẳn.
Trong 155 văn bia được dựng trong 65 năm triều đại nhà Mạc còn lại tới nay, có 110 văn bia dựng tại các chùa và 1 bài minh khắc trên chuông chùa Tư Phúc, Thái Bình. Điều này cho thấy sinh hoạt Phật Giáo dưới triều đại nhà Mạc cần được nghiên cứu nghiêm chỉnh.