Năm 1558, cuối năm Mậu Ngọ, đời Lê Anh Tông, nhờ sự vận động của chị mình là Ngọc Bảo (vợ Trịnh Kiểm) Nguyễn Hoàng được chúa Trịnh Kiểm cho phép đem theo bà con và binh sĩ vào trấn thủ Thuận Hóa. Trong những năm đầu Nguyễn Hoàng luôn luôn chứng tỏ sự thần phục vua Lê và chúa Trịnh. Trong thời gian 1592-1599, ông đem quân ra ở luôn tại Bắc Hà, giúp vua Lê và chúa Trịnh Tùng đánh nhà Mạc, lập nhiều chiến công.