Năm Quý Tị (1593) Tiết chế Trịnh Tùng đánh bại nhà Mạc, khôi phục lại Đông đô (kinh đô Thăng Long), rước Vua Lê Thế Tông trở về cố đô của Vua Lê. Thái phó Nguyễn Hoàng đem cả gia quyến và tướng sĩ bản bộ ra Đông đô lạy mừng Vua Lê khôi phục được cơ đồ. Nguyễn Hoàng lại được thăng chức Thái úy với tước Đoan Quốc công. Sau đó Thái úy Nguyễn Hoàng phụng mệnh Vua Lê, đem quân đánh dẹp tàn quân nhà Mạc, lập nhiều chiến công ở miền Bắc.