Năm 1601

Năm Tân Sửu (1601), Chúa Tiên đi du ngoạn đến vùng đồng bằng xã Hà Khê, huyện Hương Trà, thấy giữa đất bẳng đột khởi lên một đồi cao như núi, có hình thể như đầu rồng ngoảnh lại, phía trước trông ra dòng sông dài (sông Hương), sau đó hồ lớn, cảnh trí thanh tịnh và tươi đẹp. Chúa Tiên hỏi thăm dân địa phương, có người nói rằng: gò ấy rất linh dị, người xưa truyền rằng, có người ban đêm trông thấy một bà lão mặc áo đỏ, quần xanh lục, ngồi trên đỉnh đồi này mà nói rằng: “Rồi đây sẽ có chân Chúa đến lập chùa ở nơi này để tụ linh khí mà làm vững bền long mạch”. Nói xong bà lão biến mật, nhân đó, dân chúng mới gọi đồi ấy là núi Thiên Mụ (Bà lão linh thiêng ở trên trời).
Chúa Tiên thấy núi Thiên Mụ là đất linh thiêng nên cho dựng chùa và đặt tên là chùa Thiên Mụ. Năm Nhâm Dần (1602), nhân lễ Vu Lan, Chúa Tiên đi thuyền đến chùa Thiên Mụ để lập đàn chay bố thí, thuyền đi qua Triêm Ân, thuộc huyện Phú Vang, thấy đất đai có cảnh trí đẹp và địa thế tốt nên cho dừng thuyền để thưởng ngoạn, nhân đó gặp một chùa xưa đã sụp đổ nên cho trùng tu lại, gọi là chùa Sùng Hóa.
Khoảng năm 1603 – 1606, Chúa Tiên đi dạo xem đến núi Hải Vân, thấy dãy núi cao trải dài mấy trăm dặm theo hướng Bắc Nam, bề ngang kéo dài ra đến bờ biển, Chúa nói rằng: đây chính là cổ họng của đất Thuận Quảng rồi leo lên núi, xem địa thế và cho thành lập Trấn Dinh ở xã Cần Húc, huyện Duy Xuyên, lập nhiều nhà kho chứa nhiều thứ, sai Hoàng tử thứ sáu là Nguyễn Phước Nguyên trấn giữ ở đó, và rồi dựng chùa Long Hưng ở cạnh trấn.