Năm 1611

Năm 1558 Đoan Quận công vào trấn thủ Thuận Hóa, năm 1570 được cử trấn thủ hai trấn Thuận Hóa Và Quảng Nam. Năm 1578, trấn thủ Nguyễn Hoàng cử Trương Văn Chánh làm Trấn Biên Quan, chiêu tập lưu dân đến khẩn hoang đất đai ở vùng Ba Đài (Ba Đài ở phía nam đèo Cù Mông 8 km).

Năm Tân Hợi (1611) tiến đến núi Thạch Bi, Chúa cho lấy vùng đất đó lập thành phủ Phú Yên, đặt trực thuộc vào Dinh Quảng Nam. Phủ Phú Yên gồm hai huyện Đồng Xuân và Tuy Hòa (Tuy Hòa cách đèo Cù Mông 50 km). Chủ sự Văn Phong được cử làm Lưu Thủ phủ Phú Yên. Trấn Biên quan Trương Văn Chính lại mộ dân đến khai khẩn vùng đất thuộc phủ Phú Yên.

Năm 1629, phủ Phú Yên được đổi thành Dinh Trấn Biên.

Năm 1648, trong cuộc chiến tranh Trịnh – Nguyễn lần thứ tư, quân Chúa Nguyễn bắt được ba vạn quân của Chúa Trịnh, Chúa Hiền – Nguyễn Phước Tần (1648 – 1687) chia số tù binh đó vào khai khẩn đất đai từ phủ Thăng Hoa – Điện Bàn vào đến Phú Yên, cứ 50 người cho vào lập một ấp, có thể một số quân đó cũng được đưa vào khai khẩn vùng đất Khánh Hòa.