Năm 1664

Vị Thiền sư được sách sử công nhận Sơ Tổ của đất Nam Bộ là Thiền sư Bổn Kiểu (Bổn Khao?) khai sơn chùa Long Thiền (nay tọa lạc tại số K2/3B ấp Tân Bình, phường Bửu Hòa, TP. Biên Hòa-Đồng Nai) vào năm 1664. Rồi từ đó những ngôi chùa liên tiếp được mọc lên như: chùa Đại Giác (ấp Nhị Hòa, xã Hòa Hiệp, tỉnh Đồng Nai), chùa Bửu Phong (ấp Bửu Long, xã Tân Bửu, tỉnh Đồng Nai). Từ đây PG lan tỏa xuống các vùng lân cận như Sông Bé với chùa Hội Khánh (1741), Long Hưng (cuối thế kỷ XVIII). Gia Định với chùa Phước Tường (1741), Hội Sơn (…), Giác Lâm (1744), Từ Ân (1752), Khải Tường, Kim Chương… Hầu hết các chùa đều do các Thiền sư dòng Lâm Tế khai sơn.

Trong buổi đầu hội nhập, PG Đại thừa sinh hoạt chưa có hệ thống tổ chức rõ rệt. Các sinh hoạt Phật sự chủ yếu mang tính “nội tự”. Những Phật sự lớn hơn thì “sơn môn” đứng ra tổ chức như giỗ tổ, dạy nghi lễ, dạy kinh-luật-luận bằng chữ Nho (chữ Quốc ngữ lúc này chưa được phổ cập).