Năm 1682

Khoảng năm 1680 – 1682 thiền sư Minh Châu – Hương Hải (Tổ Cầu) bị Chúa Hiền – Nguyễn Phước Tần bắt giam vì nghi ngờ là có liên lạc với Chúa Trịnh ở Đàng Ngoài; nhưng vì không có bằng cớ kết tội nên thiền sư Hương Hải được thả ra, nhưng không cho tiếp tục hoằng hóa ở núi Qui Sơn mà phải vào Quảng Nam hành đạo.
Bất ngờ, năm 1682, thiền sư Minh Châu – Hương Hải với khoảng 50 đệ tử, dùng thuyền trốn ra Đàng Ngoài. Vì vậy, Chúa Nguyễn cho rằng phái thiền Trúc Lâm dính líu với Chúa Trịnh ở Đàng Ngoài, nên các thiền sư phái Trúc Lâm hoằng hóa ở Đàng Trong sợ bị liên lụy và có lẽ vì thế nên các thiền sư phái Trúc Lâm đã phải bỏ phái Thiền Trúc Lâm nhập vào phái thiền Lâm Tế, đang hoằng hóa ở Đàng Trong dưới sự lãnh đạo của Tổ sư Nguyễn Thiều – Siêu Bạch.
Vì không tin dùng phái thiền Trúc Lâm và Đàng Trong mất đi một số thiền sư phái Trúc Lâm (bỏ ra Đàng Ngoài hoặc ẩn tránh), Chúa Nguyễn Phước Trăn (1687 – 1691) đã phải nhờ Hòa thượng Nguyên Thiều – Siêu Bạch về Trung Hoa thỉnh các tăng sĩ ở Trung Hoa sang hoằng hóa ở Đàng Trong và thỉnh các kinh sách, pháp tượng, pháp khí … của Trung Hoa.
Sau khi Hòa thượng Nguyên Thiều qua Trung Hoa trở về Đàng Trong, có một số thiền sư phái thiền Lâm Tế khá đông sang Hoằng hóa ở Đàng Trong. Một số Thiền sư phái thiền Trúc Lâm đã phải qua thọ pháp với phái thiền Lâm Tế do hòa thượng Nguyên Thiều – Siêu Bạch và các đệ tử lãnh đạo. Vì vậy, có thể trong số các thiền sư Lâm Tế ở Đàng Trong vào thời đó biết được các thiền sư Trúc Lâm, nên hiện chúng ta khó biết được các thiền sư phái Lâm Tế vào thời cuối thế kỷ 17, đầu thế kỷ 18, vị nào chánh gốc là phái Lâm Tế, vị nào là phái Trúc Lâm qua cầu pháp với phái Lâm Tế?