Năm 1682
Năm 1682, Thiền sư Hương Hải Minh Châu cùng 50 đệ tử vượt thuyền ra Đàng Ngoài vì bị chúa Nguyễn Phúc Tần nghi ngờ. Được chúa Trịnh Căn giúp đỡ, trong 30 năm trụ trì chùa Nguyệt Đường ở Phố Hiến (1685 – 1715) ông dịch và giải các kinh Pháp Hoa,Kim Cương, Tâm Kinh, Pháp Bảo Đàn Kinh, Phật Tổ Tam Kinh (Bát Đại Nhân Giác, Tứ Thập Nhị Chương, Di Giáo), A Di Đà, Vô Lượng Thọ, Quán Vô Lượng Thọ, soạn Giải Sa Di Giới Luật và các nghi thức Nghi Thức Cúng Phật Dược Sư, Cúng Cửu Phẩm. Ông là người đầu tiên dịch và chú giải Bát Nhã Tâm Kinh bằng chữ Nôm. Với hầu như toàn bộ tác phẩm đều viết bằng chữ Nôm, ông góp phần quan trọng vào việc làm cho nền văn học chữ Nôm phong phú và rực rỡ. Dù thuộc phái thiền Lâm Tế ( dòng Trí Bảng), ông vẫn chủ trương pháp tu phối hợp Thiền Tịnh và thiên về lối tiệm tu của phái thiền Thần Tú. Người bốn phương tìm về cầu đạo với ông rất đông. Vua Lê Dụ Tông sau lần mời ông vào nội điện lập đàn cầu tự và thuyết pháp, thường gặp ông để vấn đạo. Đệ tử đắc pháp với ông mang pháp tự chữ Chân ( như thiền sư Chân Lý Hiển Mật) lên tới 70 người.
Ông để lại 30 tác tác phẩm Phật học. Tác phẩm quan trọng của ông Sự Lý Dung Thông gồm 162 câu theo thể thơ lục bát trình bày đường hướng của ông về lý thuyết và thực tiễn của đời sống người tu thiền Việt Nam, một lối sống trượng phu trung hiếu, đạo và đời quyện chặt vào nhau. Lê Mạnh Thát đã dịch và giới thiệu tác phẩm này trong Toàn tập MCHH tr. 388- 405 (nhà xuất bản TP/HCM, năm 2000).
Căn bản nhận thức của phương pháp hành thiền ông chủ trương: Phật và chúng sinh cùng thể tướng, mê và ngộ cùng thể tướng, tâm và cảnh chung thể tướng. Vì vậy, không thể cầu an tâm bằng cách chạy trốn sự vật; giới luật cao nhất là sự vô tâm; giây phút có được cái thấy sáng suốt không mắc kẹt nhị nguyên thì thành Phật.
Theo Lê Mạnh Thát (MCHH, tr. 17): Vụ cấm đạo năm 1714 tại Đàng Ngoài có lẽ phát xuất từ cuộc đối đáp giữa thiền sư Minh Châu Hương Hải và 3 vị tu sĩ Thiên Chúa Giáo người Hòa Lan do quan hiệp trấn Sơn Nam triệu tập tại chùa Nguyệt Đường. Trưởng quan hỏi các linh mục một câu, không linh mục nào trả lời được. Trưởng quan hỏi Hương Hải một câu, ông trả lời trôi một mạch. Trưởng quan tuyên bố: Đạo (đạo Chúa) không bằng Thích (đạo Phật), Hoa Lang (các giáo sĩ Hòa Lan) ngoa dối lời dụ dỗ để siêu lòng người, đó là tà đạo, chẳng biết nghĩa lý. Ông liền trình lên chúa Trịnh. Chúa cho kiểm tra lại, 8 tháng sau mới ra lệnh trục xuất các giáo sĩ về nước.