Năm 1694

Năm 1694, Nguyễn Phước Thông và nguyễn Phước Huệ lại âm mưu chống Chúa Nguyễn Phước Châu. Âm mưu chống lại Chúa Nguyễn Phước Châu bị bại lộ, cả hai bị giết. Năm 1695, một người Hoa ở Qui Nhơn tên là Quang Phú hợp cùng một người tên Linh nổi loạn ở Quảng Ngãi – Quy Nhơn. Vì vậy Tổ sư Nguyễn Thiều và một số đệ tử phải bỏ trốn. Tổ sư vào Đồng Nai ẩn tích và hoằng hóa ở vùng đất Đồng Nai này (người Việt và người Trung Hoa đến làm ăn sinh sống khá đông). Vì vậy, các sách sử Việt Nam không biết việc hoằng hóa này của Tổ sư Nguyễn Thiều. Tổ sư Nguyễn Thiều lập chùa Kim Cang ở ấp Bình Thảo, hoằng hóa và viên tịch ở đây ngày 19 tháng 10 năm Mậu Thân (1728), đệ tử lập tháp tại chùa Kim Cang (xem chương Tổ sư Nguyễn Thiều).
Năm 1694, sau khi Tổ sư Nguyễn Thiều và một số đệ tử thuộc phái thiền Lâm Tế sợ bị liên lụy trong các cuộc nổi loạn chống Chúa Nguyễn nên bỏ trốn, Nguyễn Phước Châu cử hai vị sư sang Trung Hoa đem thơ mời, có thơ giới thiệu của thiền sư Quả Hoằng, để thỉnh Hòa thượng Thạch Liêm thuộc phái thiền Tào Động sang Đàng Trong hoằng dương Phật pháp thay thế cho các thiền sư thuộc phái thiền Lâm Tế (như năm 1683), dùng phái thiền Lâm Tế thay cho phái thiền Trúc Lâm sau khi Tổ Cầu ra Đàng Ngoài).