Năm 1695, thiền sư Thạch Liêm Thích Đại Sán (1633 – 1704) hướng dẫn đoàn tùy tùng khoảng 100 người (hơn phân nửa là tăng chúng) tới Đàng Trong theo lời mời của Quốc Chúa Nguyễn Phúc Chu. Đoàn hoằng pháp này cư ngụ tại chùa Thiền Lâm được tu sửa quy mô và cấp tốc trong 3 ngày. Công tác quan trọng nhất của đoàn là tổ chức đại giới đàn Thiền Lâm từ ngày 1 tới 12 tháng 4.1695 (Ất hợi). Trên 3 ngàn giới tử tham dự, trong đó khoảng 1400 thọ giới tì kheo và sa di từ khắp nơi trong nước, nhiều hoàng thân quốc thích cũng xin thọ Bồ tát giới. Thiền sư Liễu Quán đã từ Phú Yên tới đây thọ giới. Thiền sư Thạch Liêm còn chủ trì một đại giới đàn khác tại chùa Di Đà, Hội An vào tháng 7 cùng năm. Tuy nhiên, rất nhiều cao tăng uy tín ở Đàng Trong không tham dự các đại giới đàn của ông có lẽ vì ông viết bố cáo về các đại giới đàn cho dán ở các chùa lời lẽ thiếu khiêm nhường, đánh giá đa số tăng sĩ ở Đàng Trong là trai tráng thất học cạo đầu trốn lính. Ông còn đề nghị với Hữu Thừa Tướng Tống Phúc Tài phải “cuốc hết các cỏ dại này cho lúa tốt có thể mọc lên”. Sau một thời gian nghỉ dưỡng bệnh tại chùa Thiên Mụ và chờ gió mùa, tháng 6 năm 1696 đoàn của thiền sư Thạch Liêm xuống thuyền về Quảng Đông, Trung Quốc. Chuyến đi hoằng pháp này được ông ghi lại tại chỗ trong tập Hải Ngoại Ký Sự được Viện Đại Học Huế dịch và xuất bản năm 1963.
Thạch Liêm là người đa tài, giỏi về nhiều môn từ thi ca, hội họa tới thủ công, đã để lại nhiều tác phẩm. Tư tưởng của ông: Thiền Tịnh song tu, Nho Phật nhất trí, tổng hợp Lâm Tế và Tào Động. Nhất Hạnh (VNPGSL 1,tr.187) nhận xét: tư tưởng thiền học của Thạch Liêm không có gì đặc sắc, kinh nghiệm tu chứng cũng không vững chãi bằng so với các thiền sư Việt Nam cùng thời với ông như Minh Châu Hương Hải (1628 – 1715), Chân Nguyên (1647 – 1726). Nguyễn Văn Xuân (Phong Trào Duy Tân, Sài Gòn, Lá Bối 1969) cho rằng Thạch Liêm tới Đàng Trong chính ra không phải để truyền giáo mà là để đón nhận số vàng chúa Nguyễn Phúc Chu cúng dường rất rộng rãi về xây dựng chùa bên Tàu. Quốc chúa Nguyễn Phúc Chu và bà mẹ của ông là đệ tử rất sùng kính Thạch Liêm. Việc ông gọi chúa Nguyễn Phúc Chu là quốc vương và bà mẹ của chúa là quốc mẫu bị Trần Kinh Hòa (Cheng Chin Ho, giáo sư Sử Học của Đài Loan được Viện Đại Học Huế mời qua giảng dạy và dịch những châu bản triều Nguyễn) nặng lời phê bình (tự phụ, đắc ý tỏ ra mặt, sinh sống xa xỉ, ương gàn tự thị, dua nịnh quan trường, lời lẽ kiêu căng, có người xem y như yêu tăng …) vì chúa Nguyễn chưa xin thụ phong, chưa được nhà Thanh sắc phong nên chưa thể gọi là vua!!!