Năm Mậu Dần (1698), Quốc Chúa lại sai Thống suất Lễ Thành hầu Nguyễn Hữu Cảnh vào kinh lược đất Đồng Nai – Sài Gòn, lấy đất Đồng Nai lập thành huyện Phước Long, đặt Dinh Trấn Biên (tỉnh Đồng Nai ngày nay) và lấy Sài Gòn lập thành huyện Tân Bình, đặt Dinh Phiên Trấn (Thành phố Hồ Chí Minh ngày nay). Mỗi Dinh đặt các chức quan cai trị (Lưu thủ, Cai bạ, Ký lục) và quân lính trấn đóng. Hai Dinh này thuộc phủ Gia Định, lúc đó phủ Gia Định gồm 4 vạn hộ dân, đất rộng hàng ngàn dặm. Chúa cũng cho chiêu mộ dân chúng ở Đàng Trong vào làm ăn ở Gia Định; đồng thời Chúa cũng bắt đầu đồng hóa số người Trung Hoa sống ở Gia Định bằng cách lập xã Thanh Hà cho người Trung Hoa sống ở Dinh Trấn Biên nhập tịch và xã Minh Hương cho người Trung Hoa ở Dinh Phiên Trấn nhập tịch.
Lãnh thổ Đàng Trong lúc đó trải dài liên tục từ sông Linh Giang (sông Gianh) vào đến tận Sài Gòn – Mỹ Tho, sau đó đến Hà Tiên và Châu Đốc và đến năm 1757 thì các Chúa Nguyễn đã làm chủ hết vùng đồng bằng Nam Bộ ngày nay.