Năm 1744
Đời chúa Nguyễn Phúc Khoát (1744), Tổ Phật Ý vâng lời bổn sư tháp tùng một số di dân, đi từ miền Trung vào Nam truyền bá đạo Phật
Tổ cùng đi với một nhà sư trang lứa, tình cờ gặp dọc đường.
Khi vào Gia Định, thuộc huyện Tân Bình, Tổ trụ lại tại làng Tân Lộc.
Khi có được ngôi am thờ Phật, Tổ Phật Ý phân công mỗi người nửa tháng theo dân vào rừng đốn củi, hái rau trái về ăn, còn người ở nhà sửa cấp nền am cho cao ráo, sạch sẽ và vẽ tượng Phật để thờ, nhất là phải đóng bàn ghế, dầu thô sơ, nhưng có để thờ. Theo tâm trạng của lưu dân, lúc xa quê cách tổ, được những ngày tạm rảnh rang nằm nghỉ, ai ai cũng hồi tưởng đến quê hương, nhớ mồ mả ông cha, bè bạn, xóm làng. Vì vậy, trong khi được biết có hai ông sư cất am thờ Phật thì họ rủ nhau đến giúp; họ cho là ở đây có Phật, thì cũng như thấy mặt tổ tiên.
Lần lượt mọåi người đến quy y với Tổ Phật Ý, và những ngày sóc, vọng thường đến nghe Tổ giảng kinh, nói pháp. Bấy giờ, người bạn đạo lại tách rời ra lập riêng một cái am, cách am cũ vài mươi thước, để việc tu hành được yên tĩnh.
Đến năm Nhâm Thân (1752), Tổ Phật Ý tu bổ ngôi am và cất thêm được một ngôi nhà sau, từ đó Ngài đổi am thành chùa, chia ra làm chánh điện, hậu Tổ. Đặc biệt là Từ Ân tự, Tổ ngụ ý nhờ ân huệ của đức Từ Bi, dựng được cơ sở truyền bá đạo cả.
Ngôi am kế bên cũng đổi thành chùa và lấy tên Khải Tường tự, ngụ ý là mở rộng phước lành cho bá tánh.
Chùa Từ Ân và Khải Tường cách nhau bởi một con đường, thời Pháp thuộc tên là đường Testard, nay là đường Võ Văn Tần; chùa Khải Tường nằm ở khu Chợ Đũi, còn chùa Từ Ân nằm phía bên kia đường.
* * *
Khai sơn chùa Từ Ân được 49 năm, lúc bấy giờ Tổ Phật Ý đã già, Thầy trụ trì chùa Khải Tường đã tịch, mọi việc trong hai chùa đều do Tổ quản lý. Tổ giao cho người đệ tử lớn là ngài Tổ Đạt trụ trì chùa Khải Tường, nhưng sinh hoạt hai chùa đều sắp xếp như nhau. Bấy giờ, hai chùa này đã thành hai ngôi già lam lớn nhất ở vùng Gia Định.
Năm Tân Hợi (1791), Nguyễn Ánh tránh Tây Sơn, chạy vào đồn trú ở Gia Định. Khi đến Gia Định, vua chọn hai chùa dùng làm nơi ký túc cho hoàng gia. Vua thì ở bên chùa Từ Ân, còn hậu phi cung nữ ở bên chùa Khải Tường.
Tháng Tư năm Tân Hợi, bà thứ phi hạ sanh Hoàng tử Đởm (tức Minh Mạng) tại hậu liêu chùa Khải Tường. Duyên do ấy nên sau khi lên ngôi vua, Gia Long liền sắc phong chùa Từ Ân là “Sắc tứ Từ Ân tự” và chùa Khải Tường là “Quốc ân Khải Tường”, hàng năm đều chu cấp lương tiền và phu dịch lo việc lao dịch cho hai chùa.
Chuyện trên là việc sau; việc trước là trong đời chúa Nguyễn Phúc Tần (chúa Hiền) ý muốn khai khẩn đất hoang, nên nhân có đám quan quân bất phục nhà Thanh bên Tàu, đem thuyền bè lính tráng sang làm dân An Nam, chúa bèn cho vào ở đất Đông Phố (Đồng Nai) và ở đất Mỹ Tho (Định Tường). Chúa giúp họ cất nhà, làm ruộng, lập ra phường phố buôn bán.
Chùa Từ Ân ở làng Tân Lộc, tuy trong thời gian khai sơn thì công di dân đóng góp xây dựng, nhưng về sau thì người Minh Hương tới lui lễ bái, quy y, nghe giảng ngày càng đông hơn người bản xứ.
Năm Nhâm Thìn (1744), ở làng Phú Thọ có ông cư sĩ người Minh Hương tên là Lý Thoại Long đến chùa Từ Ân xin Tổ Phật Ý bổ xứ cho một đệ tử có đức hạnh về trụ trì chùa Sơn Can ở làng Phú Thọ Hòa (Sơn Can là tên của chùa Giác Lâm – Sơn là núi, Can là gò nổng; vì chùa được cất trên gò đất cao như núi).
Tổ Phật Ý có năm đệ tử lớn có đức hạnh cao là:
- Ngài Tổ Đức hiệu Mật Hoằng, đã trụ trì chùa Đại Giác.
- Ngài Tổ Tông hiệu Viên Quang, chức Diễn tạo, thay Tổ giảng dạy kinh điển tại chùa.
- Ngài Tổ Thành hiệu Liễu Đạt, chức Thủ tọa, thay Tổ điều khiển chúng Tăng trong chùa.
- Ngài Tổ Đạt hiệu Trí Tâm, chức Tri khách, thay Tổ ngoại giao mọi việc và tiếp khách.
- Ngài Tổ Chánh hiệu Bổn Giác, chức Tri sự, thay Tổ quản lý sự ăn uống, thiếu đủ trong chùa.
Bổn nguyện Tổ Phật Ý bao giờ cũng mong Phật pháp được mở rộng, nên đã chấp nhận lời thỉnh cầu của cư sĩ Lý Thoại Long, bổ xứ ngài Viên Quang đến trụ trì chùa Sơn Can và Tổ đề nghị với cư sĩ Lý Thoại Long họp bổn đạo lại, để đổi hiệu Sơn Can ra Giác Lâm tự, rồi sẽ làm nhập tự cho ngài Viên Quang.
Tổ Viên Quang về trụ trì chùa Giác Lâm được 30 năm, thì tại chùa Từ Ân có ông Nguyễn Hầu Cẩm đem con trai là Nguyễn Tâm Đoan vào lạy Tổ xin cho xuất gia.
Tổ Phật Ý không nhận làm đệ tử mà giao cho Tổ Viên Quang nhận Tâm Đoan làm đệ tử, vì vậy Tổ Viên Quang theo chữ pháp danh của mình mà cho pháp danh của Tâm Đoan là Tiên Giác, pháp hiệu Hải Tịnh.
Tổ Hải Tịnh đầu sư tại chùa Từ Ân, rồi về học đạo tại chùa Giác Lâm, nhằm năm Nhâm Tuất (1802), năm ấy Ngài được 15 tuổi.