Năm 1775

Ngày 29 tháng chạp năm Giáp Ngọ (31 – 1 – 1775), Chúa Nguyễn Phước Thuần bỏ kinh thành Phú Xuân, dùng thuyền chạy vào Gia Định. Ngày mồng 3 tháng Giêng năm Ất Mùi (1775), quân Trịnh chiếm đóng Đô thành Phú Xuân của Chúa Nguyễn tịch thâu nhiều tài sản quí, nhiều tiền của trong các dinh phủ và triều đình.
Trước cảnh loạn lạc của chiến tranh, chùa Thiên Mụ cũng suy sụp theo cơ đồ Chúa Nguyễn, trong cuộc chiến đó, chùa Thiên Mụ bị tàn phá, tất cả tài liệu, bảo vật của chùa Thiên Mụ đều bị quân lính Chúa Trịnh tịch thu hoặc bị thất lạc hoặc bị tiêu hủy hết. Vì lẽ đó nên các tài liệu về chùa Thiên Mụ trước đó, từ năm 1601 đến 1775, không còn gì cả.