Năm (1786-1801), Một số chùa trong vùng Ngũ Hành Sơn, Quảng Nam bị tàn phá vì đây là nơi giao chiến giữa quân chúa Trịnh và chúa Nguyễn, giữa quân Tây Sơn và Nguyễn Ánh. Lực lượng bảo vệ Ngũ Hành Sơn của Nguyễn Ánh do Nguyễn Công Thái, một cựu tướng Tây Sơn về hàng Nguyễn Ánh. Chiếm được Quảng Nam, quân Tây Sơn lại trưng dụng nhiều chùa làm doanh trại. Trước đó, một số chùa ở Huế như chùa Báo Quốc bị quân Tây Sơn chiếm năm 1776 biến thành nơi trú quân. Chùa Thiền Lâm ở xã An Cựu, Huế, do thiền sư Thạch Liêm xây dựng cũng bị thái sư nhà Tây Sơn (Bùi Đắc Tuyên) chiếm để ở.