Sau khi lên ngôi vua (1802), vua Gia Long khuyến khích hoàng tộc tu sửa lại các chùa này. Hoàng hậu Hiếu Khương sửa chùa Bảo Quốc, công chúa Ngọc Nghiên sửa chùa Tuệ Lâm, Thừa Thiên Cao Hoàng hậu sửa chùa Thiền Lâm, công chúa Ngọc Duệ sửa chùa Thiên Thai …
Năm 1815, vua Gia Long sắc tu bổ lại chùa Thiên Mụ.
Năm 1826 vua Minh Mạng cho tu sửa chùa Thánh Duyên ở cửa biển Tư Hiền, Thừa Thiên, bị phá hủy trong chiến tranh với quân Tây Sơn.