Năm 1804

Năm Gia Long thứ ba (1804) Vua Gia Long cho xây dựng lại Chùa Thiên Mụ theo mẫu của thời Chúa Nguyễn Phước Châu, nhưng giảm bớt nhiều điện, đồng thời xây thêm điện Di Lạc, điện Quan Âm và Lôi Gia. Đồng thời Vua sắc phong cho thiền sư Tổ Ấn – Mật Hoằng ở chùa Đại Giác làm Tăng cang chùa Thiên Mụ
Như vậy kể từ năm 1804, chùa Thiên Mụ bắt đầu có Tăng Cang để quản lý tăng chúng, phụ giúp có trụ trì và khoảng 50 – 60 tăng sĩ. Từ đó cho đến khi nhà Nguyễn mất ngôi (1945), các Vua nhà Nguyễn đều cử Tăng cang quản lý chùa Thiên Mụ, cũng như sau đó, các Vua Minh Mạng, Thiệu Trị, Tự Đức… Lập thêm các chùa quan (chùa do Vua lập) như Giác Hoàng, Diệu Đế, Long Quang… Các Vua cũng cử các Tăng Cang để quản lý các chùa này.
Riêng ở chùa Thiên Mụ, bắt đầu từ Tăng Cang Tổ Ấn – Mật Hoằng, sau đó Vua sắc phong các Tăng Cang khác tiếp nối kế thừa quản lý chùa, sau thời quân Pháp xâm lăng Việt Nam, các tài liệu của chùa lại bị chiến tranh thiêu hủy hay thất lạc. Vì vậy, chẳng những chúng ta không còn biết được truyền thừa ở chùa Thiên Mụ vào thời trước khi Vua Gia Long lên ngôi (1601 – 1802) mà ngay cả truyền thừa ở chùa Thiên Mụ trong thời nhà Nguyễn (1802 – 1945) cũng không còn biết được rõ ràng.