Năm 1817, Vua Gia Long lại cử Hòa thượng Mật Hoằng qua trụ trì chùa Quốc Ân, Tổ đình của phái thiền Lâm Tế ở Đàng Trong dưới thời các Chúa Nguyễn, chùa này do Tổ sư Nguyên Thiều thành lập năm 1683 – 1684, Vua phong cho Thiền sư Liễu Đạt – Thiệt Thành trụ trì chùa Từ Ân ở tỉnh Gia Định làm Tăng cang chùa Thiên Mụ.
Vua Gia Long (1802 – 1820) và Vua Minh Mạng (1821 – 1840) thường tổ chức các Đại trai đàn chúc thọ và cầu siêu ở chùa Thiên Mụ, tổ chức các lễ phật Đản, Vu Lan… Rất long trọng. Vua Minh Mạng cho đúc 18 tượng La Hán cúng dường cho chùa và tu sửa chùa, càng làm cho chùa trang nghiêm tráng lệ và nguy nga hơn.