Năm 1841

Năm 1841, Vua Thiệu Trị mới lên ngôi lại cử Thiền sư Tế Bổn – Viên Thường làm Tăng Cang chùa Thiên Mụ thay cho Tăng Cang Bổn Giác qua làm Tăng Cang chùa Giác Hoàng.

Ngay sau khi Vua Thiệu Trị lên ngôi, năm Tân Sửu (1841) vì tên Vua là Miên Tông nên chùa Ấn Tông bị đổi lại thành chùa Từ Đàm cho đến nay. Vua Thiệu Trị là một Phật tử thuần thành, cho xây tháp Phước Duyên ở chùa Thiên Mụ, xây dựng chùa Diệu Đế và chùa Giác Hoàng, Vua cho trùng tu nhiều chùa khác như chùa Thiên Mụ, Linh Sơn, Đông Thiền, Túy Vân, Trấn Hải… Vào thời Vua Thành Thái và Duy Tân (1889 – 1916) trụ trì chùa Từ Đàm là Đại sư Thanh Hiệp – Tường Vân.