Năm 1866

Năm 1866, Đoàn Hữu Trưng, con rể Tùng Thiện Vương, cùng hai em vận động đám dân công xây lăng Tự Đức ở làng An Truyền, Huế nổi loạn để tôn Đinh Đạo (con của Hồng Bảo là người anh bị truất của vua Tự Đức) lên làm vua. Họ sử dụng chày đâm vôi của các thợ xây lăng dùng làm võ khí nên gọi là Giặc Chày Vôi. Đoàn Hữu Trưng là người tài hoa, soạn bài vè lục bát Trung Nghĩa ca dài 498 câu trong thời gian bị giam kể lại diễn tiến cuộc nổi loạn này. Ông vận động được các chùa Long Quang, Pháp Vân làm chỗ cất giấu chày vôi. Nhiều học tăng các chùa cũng tham dự cuộc khởi nghĩa này. Quân khởi nghĩa lên tới ngàn người tuyên bố bãi bỏ việc xây lăng, truất phế đương kim hoàng đế, lập Đinh Đạo làm vua. Đêm 8 tháng 9 (năm Bính Dần) họ đã tiến vào được nội cung, suýt giết được vua Tự Đức thì Đoàn Hữu Trưng cho dừng lại để rước Đinh Đạo vào nội cung nên bị quân triều đình phản công, dẹp tan. Các người lãnh đạo bị bắt và bị xử tử, tăng ni bị bắt hoàn tục gần hết. Kinh đô lúc đó chỉ còn 24 ngôi chùa với 24 vị trú trì mà thôi.

Sự trả thù của vua Tự Đức tạo nên một pháp nạn nặng nề tại miền Trung. Hoàng phi Lệ Thiên, chánh cung của vua Tự Đức là đệ tử của thiền sư Liễu Triệt, đã khẩn khoản xin vua tha tội chết cho nhiều tăng ni.

Tự Đức (1847 – 1883) thực ra không phải là ông vua kỳ thị Phật Giáo.

Năm 1849, vua ra lệnh các chùa công như Thiên Mụ, Giác Hoàng, Thánh Duyên, Tam Thai … mỗi chùa phải được chủ trì bởi một Tăng Cang (có lãnh lương bổng của triều đình) để lo việc tu học của tăng chúng.

Năm 1853, ông lại ban cấp ruộng đất cho các chùa Thiên Mụ, Diệu Đế, Thánh Duyên, Linh Hựu, Long Quang, Tam Thai, Ứng Chân và Khải Tường.

Thời Tự Đức, trong những lễ Phật lớn, tăng ni các nơi vân tập về chùa Báo Quốc ở Huế nghe các vị cao tăng thuyết pháp từ một đài cao được dựng để tôn vinh các ngài.