Năm Kỷ Tỵ (1869), tức là năm Tự Đức thứ 22, tuy xa xa còn văng vẳng tiếng súng chống Pháp, nhưng quanh vùng Gia Định – Chợ Lớn cũng tạm yên lành. Người Pháp muốn mua lòng dân chúng, nên họ dễ dãi mọi bề; dân chúng thấy dễ lần lượt rải rác hồi cư. Tăng chúng hai chùa Giác Lâm và Giác Viên lần hồi quay về đầy đủ. Năm này, Tổ Hải Tịnh đã 82 tuổi. Tổ nhận thấy tuổi già sức yếu, không còn trụ thế bao lâu, Tổ sắp đặt cho đệ tử lớn là thầy Minh Vi, hiệu Mật Hạnh, trụ trì chùa Giác Lâm, phụ việc thì Tổ tri cử thêm thầy Minh Lý, hiệu Quảng An, làm tri khách; chùa Giác Viên thì Tổ đặt người đệ tử nhỏ là thầy Minh Khiêm, hiệu Hoằng Ân, làm trụ trì.
* * *
Đến năm Ất Hợi (1875), ngày mùng 8 tháng 11, nhằm năm thứ 29 đời vua Tự Đức, Tổ gọi hết đệ tử trong hai chùa tề tựu tại chùa Giác Lâm; Tổ dặn dò tất cả phải cố gắng học thông giáo lý, tìm hiểu con đường giải thoát, đừng đắm đuối hồng trần, nhất là muốn thảnh thơi giải thoát, thì phải nhận rõ sự việc đi ứng phú là bước đường đưa vào sa đọa, làm tiêu hao bổn tánh chơn như.
Đến đúng ngọ ngày mùng 8, Tổ vui tươi mà thị tịch, Tổ trụ thế 88 năm, theo tuổi đạo được 73, vì từ ngày Tổ vào chùa quy y hành đạo trải qua 73 năm, không lúc nào mà Tổ quên đi sự hưng suy của đạo pháp; mỗi niệm của Tổ đều bộc lộ đạo đức vị tha. Vì vậy, trong thời gian Tổ hóa đạo, đức độ Ngài được ca ngợi khắp miền. “Đuốc tình thương được soi sáng nhiều nơi, chuông cảnh tỉnh truy hồn muôn vạn khách”. Tổ Hải Tịnh quy tịch, thầy Minh Vi tạo bài vị để thờ cả hai chùa, đến ngày lễ ky thì chùa Giác Lâm cúng trước, Giác Viên cúng sau.