Năm 1885

Tháng 5 năm Ất Dậu (1885), kinh thành Huế bị Pháp chiếm, Phụ chánh Tôn Thất Thuyết đưa Vua Hàm Nghi ra rừng núi để truyền hịch Cần Vương, kêu gọi dân chúng giúp Vua kháng chiến chống Pháp.
Kể từ đó Pháp chính thức đô hộ Việt Nam, triều đình Huế chỉ là bù nhìn của chánh quyền Pháp. Pháp đã chiếm đóng ở nhiều chùa: Pháp lấy chùa Từ Ân, chùa Khải Tường, chùa Cây Mai… ở Sài Gòn làm đồn bót. Ở Kinh đô Huế, Pháp chiếm chùa Giác Hoàng làm nơi đóng quân… chùa Thiên Mụ ở xa Kinh thành Huế nên được bình yên.