Năm 1889

Năm Kỷ Sửu, Thành Thái nguyên niên (1889), Hòa thượng Linh Cơ lui về nhập thất tu niệm, gọi Ngài Thanh Thái Phước Chỉ về để hiệp trợ các công việc Phật sự, nhất là công việc trùng tu chùa Tường Vân. Trong đợt trùng tu này, Ngài cho xây thêm “Lạc Nghi đường” nối liền chánh điện và hậu điện. Bảng “Sắc tứ Tường Vân” cũng được lập trong đợt này.
Cùng năm đó, Ngài được cử làm Tri sự chùa Từ Hiếu.