Năm 1898

Năm 1898, cuộc khởi nghĩa chống pháp do Võ Trứ lãnh đạo ở Phú Yên năm 1898 được gọi là Giặc Thầy Chùa. Võ Trứ là đệ tử trụ cột của sơn tăng Thầy Đá Bạc ở hang Đá Bạc, Bình Định. Lực lượng chủ yếu của cuộc khởi nghĩa này là tăng sĩ và Phật tử. Chí sĩ Trần Cao Vân được coi là cố vấn, có tham dự cuộc họp chuẩn bị khởi nghĩa vào rằm tháng bảy năm trước (1897). Sau khi cuộc khởi nghĩa thất bại, tất cả các chùa trong hai tỉnh Phú Yên và Bình Định đều bị lục soát, khám đường nào cũng có các nhà sư bị bắt nhốt.

Tại miền Bắc, sư Vương Quốc Chính lãnh đạo Hội Thượng Chí quy tụ được hàng ngàn tăng sĩ và hàng vạn Phật tử luôn cả một số tín đồ đạo Chúa từ Nghệ An tới Bắc Ninh. Khi cuộc tấn công của phong trào này vào Hà Nội đêm 5 tháng 12.1898 bị thất bại, quân Pháp tấn công kịch liệt nghĩa quân các tỉnh Hà Đông, Sơn Tây. Cuộc khởi nghĩa bị quân Pháp đánh bại, từ Bắc Ninh vào tới Nghệ An tăng sĩ và Phật tử bị bắt , tù đầy và xử tử không kể xiết (VNPGSL, tập 3).