Năm 1907, ngay sau khi lên ngôi, Vua Duy Tân (1907 – 1916) đã lo trùng tu chùa Thiên Mụ.
Theo chiết tính của Bộ Công: nếu tu sửa chùa Thiên Mụ y như cũ thì tổn phí rất lớn, khả năng tài chính của triều đình Huế lúc đó không đủ để thực hiện. Vì vậy, phải dỡ bớt bốn tòa nhà lớn của chùa là điện Di Lạc, đình Hương Nguyện và hai điện Thập Vương, lấy vật liệu đó để xây dựng lại điện Di Lạc và sửa chữa Đình bia, Nhà Trai và tháp Phước Duyên… dù vậy, số tiền cần cho công trình trùng tu này cũng lên đến 2.982,55$.