Năm 1907

Năm Đinh Mùi (1907), một thảm họa khác lại đưa đến, do nước lũ ngập úng, cây cối hoa màu không sinh sôi nảy nở, mùa màng tổn thất. Ngài Như Hiền Chí Thiền cho cứu tế khắp nơi, đem cả lương thực của chùa ra phân phát, kêu gọi dân chúng lên núi vào ở ngay trong chùa, đợi cho đến khi nước rút mới thôi. Do đó mà người dân đã thoát qua được những trận thiên tai địa ách bằng lòng tin và cách sống vị tha của Ngài. Họ đã đứng sau lưng Ngài trong suốt 49 ngày lập đàn Dược Sư cầu nguyện. Sau những biến động thiên tai dồn dập ấy, Ngài phát nguyện tịch cốc, chỉ ăn rau trái, với tâm nguyện chịu nỗi khổ thay dân trong suốt mười hai năm liền.
Do những hoạt động và tinh thần xả thân vì chúng sanh, Ngài được quần chúng ngưỡng mộ và hết lòng quy thuận, nên mật thám Pháp nghi ngờ Ngài làm quốc sự và bắt giam Ngài trong mười tháng.
Do những hoạt động và tinh thần xả thân vì chúng sanh, Ngài được Lục Cả chùa Tà Lạp ở Campuchia hiến cúng pho tượng Phật cổ hàng trăm năm bằng vàng, để tôn trí tại chùa Phi Lai. Đủ nói lên tinh thần và oai đức của Ngài đã vượt ra khỏi biên giới bản địa, kết chặt thêm tình đạo cao sâu, giữa thời buổi chiến tranh loạn lạc.
Thời điểm mở đầu của phong trào chấn hưng Phật giáo, Tổ Khánh Hòa cùng chư Hòa thượng đồng tâm nguyện họp bàn công việc Phật sự tại chùa Linh Sơn Sàigòn, Ngài không đến được, đã gửi cúng vào quỹ Chấn hưng ba trăm đồng tiền Đông Dương.