Ngày 26/8/1931, Thống đốc Nam Kỳ là Krautheimer ký Nghị định số 2062, chính thức cho phép Hội Nam Kỳ Nghiên cứu Phật học đi vào hoạt động. Trụ sở đặt tại chùa Linh Sơn, đường Douaumont (149 đường Cô Giang), Sài Gòn.Hội ra tạp chí “Từ Bi Âm” (năm 1932) để truyền bá giáo lý, thỉnh Tam Tạng Kinh từ Trung Hoa về tàng trữ ở Pháp Bảo Đường của chùa Linh Sơn.
Sau khi tổ chức này ra đời được một thời gian thì lại tiếp tục diễn ra sự phân hóa trong nội bộ. Kết quả là một số chư vị hòa thượng và cư sĩ đã rời bỏ tổ chức này để tham gia vận động thành lập những tổ chức Phật giáo mới.