Năm 1933, do không tán thành với chủ trương của Hội Nam Kỳ Nghiên cứu Phật học nên Hòa thượng Khánh Hòa đã cùng với các chư vị Huệ Quang, Chánh Tâm, Khánh An, Pháp Hải, Viên Giác, Thiện Chiếu… đứng ra thành lập Liên Đoàn Học Xã tại chùa Viên Giác (Bến Tre). Mục đích chính là đào tạo Tăng tài theo hình thức cứ mỗi chùa sẽ hỗ trợ chi phí trong vòng 3 tháng liên tiếp cho các buổi thuyết pháp và dạy học. Tổ chức này cũng nhanh chóng tan rã vì nhiều nguyên do. Trong đó, nguyên nhân cơ bản là bị xem như là một “Hội” nhưng lại không có giấy phép hoạt động.
Trong một bài viết đăng tải trên tờ Tiến Hóa, sư Thiện Chiếu đã viết rằng: Chúng tôi tính tổ chức làm trường gia giáo, mỗi chùa ba tháng, dạy mỗi năm ba chùa, đến lượt chùa nào chùa đó tự chịu kinh phí, trong vòng ít năm có lẽ sẽ đào tạo được một số nhân tài ra hoằng dương Phật pháp. Rồi chúng tôi nhóm lâm thời tại chùa Viên Giác, Bến Tre nhằm ngày 20/1/1933 (âm lịch) dự thảo chương trình Liên Đoàn Học Xã. Đầu tiên dạy học ba tháng tại chùa Long Hòa, Trà Vinh. Đến phiên thứ nhì, dạy ba tháng tại chùa Thiên Phước, Trà Ôn. Lần này, theo lời mời của Hòa thượng Thiện Quang (Nguyễn Chánh Tâm, trụ trì chùa Thiên Phước), ông Trần Nguyên Chấn đã đến tổ chức chiếu phim về cuộc đời và quá trình hành đạo của Đức Phật Thích Ca và có tham gia phát biểu trong buổi lễ khai trường (2/7/1933). Nhưng đến lần thứ ba, dạy tại chùa Viên Giác, Bến Tre, công cuộc làm gần hai tháng, ông Chấn suy nghĩ thế nào mà lại gửi đơn đầu cáo với chính quyền cấp trên. Trong đơn lại cho rằng Liên Đoàn Học Xã là một cái tổ chức lớn nhưng không xin phép, mà nhất là người đề xướng như chúng tôi và sư cụ Khánh Hòa, cụ Tâm Quang là những người chủ chòm. Khi ấy, quan chủ tỉnh Bến Tre có mời chúng tôi lên để giải thích về mục đích của Liên Đoàn Học Xã và làm bản tường trình về việc đã tổ chức giảng dạy những nội dung gì… Tuy không đến bước cùng nhưng công việc đang làm lở dở, các chùa không ai giám làm gia giáo nữa, các sư không ai chịu dạy nữa, thành thử nửa chừng phải giải tán. Sau sự giải thể này, tại miền Nam tiếp tục xuất hiện nhiều tổ chức Phật giáo mới, với đầy đủ tính chính danh của nó như Hội Lưỡng Xuyên Phật học, Hội Thiên Thai Thiền giáo Tông Liên hữu, Tịnh Độ Cư sĩ Phật hội, Hội Phật Học Kiêm Tế… Sự ra đời của các tổ chức này đã góp phần tạo ra những chuyển biến rất căn bản, đồng thời, thúc đẩy sự phát triển của phong trào chấn hưng Phật giáo tại khu vực này.